Exploiter les mégadonnées pour améliorer la production d’olives
Dans toute la région méditerranéenne, l’huile d’olive est un pilier de l’alimentation, de la culture et de l’économie. Plante ligneuse ancienne, l’olivier compte plus de 1 200 variétés dans le monde, mais les plantations commerciales à grande échelle n’utilisent qu’environ 5 % de cette diversité génétique. Le changement climatique, les maladies et l’érosion génétique menacent désormais l’industrie oléicole, et peu d’informations génétiques sont disponibles pour aider les oléiculteurs. Le projet GEN4OLIVE(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financé par l’UE, a permis de caractériser plus de 500 variétés d’olives, de développer des outils conviviaux et de financer de nombreux projets impliquant des PME afin d’assurer l’avenir d’une oléiculture durable.
Un nouveau rôle pour les banques de germoplasme
Les banques de germoplasme (BG) sont essentiellement des «bibliothèques vivantes» où sont conservés des plantes, des semences et d’autres matériels génétiques provenant de spécimens agricoles. Les BG protègent la diversité des cultures en jouant le rôle d’installations de secours en cas de détérioration de l’approvisionnement alimentaire. Elles sont au cœur du projet GEN4OLIVE. La coordinatrice du projet, Concepción Muñoz Díez, déclare: «Les cinq banques de germoplasme participant à GEN4OLIVE, situées en Espagne, au Maroc, en Italie, en Grèce et en Turquie, ont fourni un matériel végétal exceptionnellement diversifié et précieux, ce qui a permis de le caractériser en profondeur». Les activités de caractérisation se sont concentrées sur quelques caractéristiques clés: tolérance au climat, résistance aux maladies, productivité et qualité de l’huile. Outre la caractérisation du matériel déjà stocké dans les BG, le projet a également ajouté du matériel. L’une des principales activités de GEN4OLIVE consistait à identifier et à conserver les populations d’oliviers sauvages dans l’ensemble de la Méditerranée. Plus de 200 oliviers anciens ont été répertoriés au cours du projet.
Les PME accélèrent les programmes de pré-sélection
La pré-sélection repose sur une multitude de données pour déterminer les meilleures variétés pour des régions spécifiques ainsi que les caractéristiques génétiques qui méritent d’être introduites. GEN4OLIVE a identifié, parmi les variétés cultivées et sauvages, des génotypes présentant une tolérance supérieure aux maladies, à la sécheresse et à d’autres stress biotiques et abiotiques. Le projet a lancé deux appels ouverts qui ont permis de financer 25 projets impliquant des PME. De nombreuses PME ont appliqué les ressources de GEN4OLIVE pour créer des programmes de pré-sélection, en établissant des essais sur le terrain pour tester les performances des variétés traditionnelles. Un projet remarquable mené en Géorgie a exploré des cultivars résistants au froid, avec le potentiel d’élargir la région où les olives peuvent être cultivées.
Des outils numériques étendent l’expertise
La création de ressources génétiques et l’habilitation du secteur agricole à les utiliser requièrent une interface de données. GEN4OLIVE a créé une base de données en ligne(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) qui contient les données phénotypiques de plus de 600 variétés. Outre la base de données, le projet s’est également appuyé sur l’apprentissage automatique pour développer des applications mobiles capables d’identifier les variétés et les maladies. L’application OliVaR(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) a démontré une précision de 96 % dans l’identification des cultivars au cours des phases d’entraînement, ce qui en fait un outil très prometteur pour la reconnaissance des cultivars. Le développement simultané des ressources génétiques et des outils numériques pour les utiliser a encouragé les partenaires du projet à voir grand. Concepción Muñoz Díez explique: «Ces outils peuvent permettre à chacun d’accéder à l’expertise. Un pépiniériste peut conseiller les agriculteurs et sélectionner la meilleure variété à reproduire en fonction des besoins de l’utilisateur final, et un agriculteur peut diagnostiquer une maladie en prenant une photo et en l’analysant à l’aide d’outils d’IA». L’impact des solutions de GEN4OLIVE sera immédiat, car les parties prenantes auront accès à des outils numériques puissants. Au fil du temps, le développement des ressources génétiques et d’outils d’IA produiront des programmes de sélection plus solides et des cultures plus durables. GEN4OLIVE a apporté la plus grande contribution de données jamais réalisée dans le secteur oléicole et, en garantissant l’accès aux données à toutes les parties prenantes, le projet a contribué à assurer la vitalité future de la production oléicole.
