Carte génique haute densité pour la drosophile
La découverte du génome humain dépend largement des études génomiques fonctionnelles sur le moucheron Drosophila. Les partenaires du projet FLYSNP se sont penchés sur la production d'une carte génomique haute résolution en vue de faciliter l'attribution des fonctions à tout gène donné. Les polymorphismes de nucléotide simple (SNP pour single nucleotide polymorphisms) ou variantes génétiques qui diffèrent en fonction d'un seul nucléotide, apparaissent très souvent chez le moucheron D. melanogaster. En raison de leur grande incidence et de leur expression phénotypique, ils se révèlent être très appropriés pour une utilisation en tant que marqueurs de mutation. Une fois marquées, ces mutations peuvent être clonées à des fins de recherches futures. Une équipe de l'Académie des sciences autrichienne a créé une carte haute densité de SNP contenant plus de 2000 marqueurs. Plus important encore, ces derniers sont largement et uniformément espacés dans l'intégralité du génome. La construction d'une carte de SNP s'est faite en trois étapes: d'une carte initiale faible densité à une carte moyenne densité puis une carte haute densité. Les chercheurs ont utilisé la base de données génétique FlyBase consacrée à la drosophile pour une comparaison des SNP sélectionnés, séquencés puis amplifiés. La détection automatique des SNP par le logiciel PolyBayes a été suivie de l'application de critères de qualité puis d'une inspection visuelle des alignements afin de renforcer la fiabilité. Les utilisateurs intéressés peuvent consulter la carte de SNP dans la base de données du projet à l'adresse suivante: http://flysnp.imp.ac.at/flysnpdb.php Une introduction au projet, un guide de l'utilisateur, des méthodes ainsi que des liens vers d'autres sites importants y sont présentés. Des informations concernant des régions spécifiques peuvent être téléchargées à partir du site. Elles comprennent les allèles, la position sur le génome (région et position du bras), les séquences encadrantes ainsi que les détails concernant les amorces d'amplification. Un lien direct via GBrowse offre également une version picturale des séquences. Les travaux réalisés par l'équipe ont permis de mettre au point une technique de mappage des SNP, qui réduit désormais la tâche onéreuse de mappage de plusieurs années dans certains cas à seulement quelques mois. Cela permet également aux chercheurs de concentrer leurs temps précieux sur l'analyse plus poussée des gènes et la location de nouvelles mutations.