Analyses ADN rapides et peu coûteuses pour identifier E.Coli
Les techniques conventionnelles commercialisées permettent d'identifier la bactérie E.coli mais elles sont malheureusement longues et coûteuses. Par ailleurs, elles ne sont pas adaptées à l'analyse d'un grand nombre d'échantillons obtenus à partir d'un programme de dépistage. Pour faire face à cette situation, le projet ANTRES a mis au point un système fiable et de bon rapport coût-efficacité afin d'identifier E.coli en utilisant la technique d'hybridation sur filtre de l'ADN. Les chercheurs ont choisi deux gènes cibles différents pour développer des sondes ADN spécifiques aux espèces. Ce sont les gènes lacZ qui code pour la galactosidase, et le gène uidA pour la glucuronidase. Ces gènes ont déjà été utilisés pour la création de sondes ADN capables de s'hybrider avec l'ADN de E.coli. Chaque sonde a été testée par une série d'expériences d'hybridation sur papier en comparaison de souches de références de différentes espèces bactériennes. Au cours de ce processus, la sonde uidA s'est révélée la plus exacte des deux et a été sélectionnée pour un développement ultérieur. La sonde uidA a été validée en utilisant d'autres échantillons de ces isolats bactériens. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus par le système classique d'identification bactérienne API 20E. Les résultats des deux méthodes coïncidaient sur presque tous les isolats. Par conséquent, la méthode d'hybridation sur papier des colonies basée sur la sonde uidA pouvait être considérée comme une méthode appropriée d'identification de E.coli. Le nouveau système nécessitait beaucoup moins de temps et le dixième du coût de la technique classique. Il a par conséquent été adopté pour l'identification E.coli dans l'étude de référence ARS.
