Schnelle und günstige DNA-basierte Analysen für E.coli
Herkömmliche kommerzielle Systeme zur Identifizierung von E.coli wurden als teuer und zeitaufwändig eingeschätzt. Sie waren auch nicht zur Analyse der großen Menge an Proben geeignet, die es bei Screening-Programmen gibt. Darauf reagierte das Projekt ANTRES mit der Entwicklung eines zuverlässigen und kosteneffektiven Systems zur Identifizierung von E.coli mittels Filter-DNA-Hybridisierung. Die Forscher wählten zwei verschiedene Zielgene zur Entwicklung von artenspezifischen DNA-Sonden. Dabei handelte es sich um das lacZ-Gen, das Galactosidase codierte und das uidA-Gen, das Glucuronidase codierte. Diese Gene wurden zuvor zur Schaffen von DNA-Sonden für die Identifizierung von E.coli verwendet. Jede Sonde wurde in einer Reihe von Koloniehybridisierungsexperimenten mit Referenzstämmen verschiedener Bakterienarten getestet. Bei diesem Prozess stellte sich die uidA-Sonde als die genauere der zwei Sonden heraus und wurde zur Weiterentwicklung ausgewählt. Die uidA-Sonde wurde unter Nutzung einer Subprobe von Isolaten überprüft. Die Resultate wurde mit denen verglichen, die unter Nutzung des herkömmlichen Bakterienidentifizierungssystems API 20E gewonnen wurden. Die zwei verschiedenen Methoden stimmten bei fast allen Isoleten überein. Aus diesem Grund schätzte man die auf der uidA-Sonde basierende Koloniehybridisierungsmethode als für die Identifizierung von E.coli geeignet ein. Das neue System benötigte weniger Zeit und ein Zehntel der Kosten der herkömmlichen Technik. Deswegen wurde es zur Nutzung für die Identifizierung von E.coli in der ARS-Basisstudie angepasst.
