Analisi rapide ed economiche basate sul DNA per E.Coli
I sistemi commerciali convenzionali per identificare l'E.coli sono stati considerati costosi e richiedono troppo tempo. Non erano adatti all'analisi di grandi volumi di campioni compresi in un programma di screening. In risposta, il progetto ANTRES ha sviluppato un sistema affidabile ed economicamente conveniente per identificare l'E.coli usando l'ibridazione del DNA su filtro. I ricercatori hanno scelto due diversi geni target per sviluppare sonde di DNA specifiche della specie. Si trattava del gene lacZ, che codifica la galattosidasi e il gene uidA, che codifica la glucuronidasi. Questi geni sono stati impiegati in precedenza per creare sonde di DNA per identificare l'E.coli. Ogni sonda è stata testata in una serie di esperimenti "colony blot" rispetto a ceppi di riferimento di varie specie di batteri. Durante questo processo è stato riscontrato che la sonda uidA è la più precisa delle due sonde ed è stata scelta per un successivo sviluppo. La sonda uidA è stata convalidata usando un sottocampione di isolati. I risultati sono stati confrontati con quelli ottenuti usando il sistema di identificazione convenzionale dei batteri API 20E. I due diversi metodi concordavano per quasi tutti gli isolati. Pertanto, il metodo "colony blot" basato sulla sonda uidA è stato considerato una tecnica adatta per l'identificazione di E.coli. Il nuovo sistema richiedeva meno tempo e un decimo dei costi della tecnica convenzionale. Pertanto, è stato usato per identificare l'E.coli nello studio di riferimento ARS.
