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The european molecular biology linked original resources (TEMBLOR)

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Integrazione per il reperimento di informazioni finale

La ricerca relativa alla genomica funge da collegamento tra campi accademici multidisciplinari e istituzioni. Il progetto europeo TEMBLOR ha preso parte ad un'iniziativa massiccia per integrare la grande quantità di dati sulla proteomica e sulla genomica disponibili in tutto il continente, in alcuni casi estendendosi a livello globale.

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Svelare e sequenziare il genoma di un organismo è di per sé un'impresa. Per utilizzare completamente le sequenze genetiche, queste informazioni si devono però collegare ai relativi veicoli trascrizionali e alle proteine codificate. Collegando queste informazioni alle malattie genetiche, alla loro base biomolecolare e alle interazioni molecolari, si potenziano lo sviluppo farmaceutico e la terapia. Consapevole del potenziale di tali livelli di integrazione, il progetto TEMBLOR ha portato ad un potenziamento delle risorse europee in questi campi intrinsecamente collegati. Sono stati sviluppati nuovi servizi relativi alle interazioni proteine-proteine, alle strutture macromolecolari, ai dati microarray e alle richieste integrative. Tra questi, Integr8, il portale web fondamentale per la filosofia dei dati integrati, ha consentito un facile accesso alle informazioni integrate relative ai genomi decifrati e ai loro proteomi corrispondenti. Concentrandosi sui dati della sequenza di un gene l'utente è in grado di vedere le strutture genomiche, trascrizionali e proteiche interconnesse. Il Wellcome Trust (Cambridgeshire, Regno Unito), appartenente al Gene ontology consortium (GOC) dal 2001, era responsabile dell'annotazione del proteoma umano. In seguito, dal 2006, ha continuato la ricerca genomica e le attività di coordinamento all'interno del progetto europeo GOA. Le annotazioni sono poi state ampliate per incorporare una serie di proteomi legati alle malattie. L'UniProtKB, la base di conoscenze UniProt, comprende circa 100.000 specie ed è la raccolta più grande al mondo di informazioni sulle famiglie proteiche. Include informazioni sulle proteine dall'uomo alle piante, continuando lungo la scala evolutiva fino ai virus. Include anche i più famosi modelli animali di Drosophila, Xenopus e del pesce zebra. Un aggiornamento continuo dei dataset da parte di GOA ha garantito, e garantirà in futuro, che questi offrano una fonte completa di annotazioni di riferimento per il database UniProt. Queste annotazioni hanno portato a collaborazioni a livello mondiale ed hanno potenziato la visibilità europea nel campo della genomica e della proteomica.

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