SNP-Detektion bei Weidelgras
Im Rahmen einer SNP-Marker-basierten Züchtungsstrategie wurden verschiedene Methoden zur Detektion von SNPs (Einzelnukleotid-Polymorphismen) bei Weidelgras evaluiert. Bewertet wurden u.a. Durchsatzkapazität, Robustheit/Reproduktionsfähigkeit, Informationsgehalt und Kosteneffizienz. Insgesamt evaluierten die Wissenschaftler des GRASP-Projekts neun verschiedene Verfahren zur Detektion und Identifizierung von SNPs für spezifische Merkmale. Drei der Konsortiumspartner hielten das Sequenom MassARRAY-System für optimal geeignet. Das System verwendete die matrixunterstützte Laserdesorptions-/Ionisations-Flugzeit (MALDI-ToF)-Massenspektrometrie mit vollständig automatisierter Genotypisierung. Mit diesem leistungsstarken, flexiblen Hochdurchsatzverfahren können genetische Variationen zuverlässig identifiziert werden und es ist außerdem kostengünstig und leicht zu handhaben. Die Genotypen wurden nach Molmassen unterteilt, das Design aller Assays erfolgte computergestützt. So konnten mehrere unabhängige SNPs in einem einzelnen Assay lokalisiert werden, womit sich der Einsatz von Fluoreszenzmarkern erübrigte. Die Sequenzierung der Allele und Detektion von Haplotypen und SNPs in 20 Genotypen von Weidelgras erfolgte mit zwei verschiedenen Methoden. Bei der ersten werden mindestens fünf PCR (Polymerase-Kettenreaktion)-Fragmente pro Genotyp-/Kandidatengen-Kombination kloniert und sequenziert. Die zweite Methode beruht auf haplotypspezifischer Sequenzierung, um so DNA-Abschnitte von beiden Allelen zu erhalten.
