Wykrywanie polimorfizmu pojedynczego nukleotydu u życicy
Ocenie poddano różne metody wykrywania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w ramach strategii hodowli opartej na markerach SNP dotyczącej traw. Do zastosowanych kryteriów należały: wydajność, niezawodność/powtarzalność, zawartość informacji oraz opłacalność. W sumie naukowcy uczestniczący w projekcie GRASP ocenili dziewięć różnych technik wykrywania i identyfikacji SNP charakterystycznych dla cechy. Ponadto trzej uczestnicy konsorcjum za najodpowiedniejszy uznali system MassARRAY firmy Sequenom. W systemie używana jest spektrometria mas oparta na desorpcji-jonizacji laserem z udziałem matrycy i pomiarem czasu przelotu (MALDI-TOF), co umożliwiło całkowicie zautomatyzowane genotypowanie. Ta efektywna, elastyczna, bardzo wydajna technika pozwoli³a na dok³adne identyfikowanie zmiennoci genetycznych. Była również prosta w użyciu i przystępna finansowo. Genotypy były separowane stosownie do masy, przy czym wszystkie próby były oznaczane komputerowo. Dzięki temu możliwe było analizowanie kilku niezależnych miejsc SNP w jednym procesie oznaczania, a znakowanie fluorescencyjne okazało się zbędne. Do sekwencjonowania alleli oraz wykrywania haplotypów i polimorfizmów SNP w 20 genotypach życicy trwałej naukowcy użyli dwóch różnych metod. Pierwsza metoda polegała na klonowaniu i sekwencjonowaniu co najmniej pięciu fragmentów PCR (reakcji łańcuchowej polimerazy) dla każdej kombinacji genotypu i genu kandydującego. W drugiej metodzie wykorzystano bezpośrednie sekwencjonowanie pod kątem haplotypów, w wyniku czego uzyskiwano sekwencje DNA z obu alleli.
