En direct des entrailles
Les antibiotiques sont des molécules qui jouent un rôle majeur dans notre lutte contre les maladies infectieuses. Malheureusement, leur utilisation modifie également l'équilibre des populations bactériennes essentielles qui vivent dans le tractus gastro-intestinal (TGI). L'un des effets secondaires les plus ennuyeux des antibiotiques est la diarrhée associée aux antibiotiques (DAA). Un autre effet secondaire des antibiotiques est le développement d'une résistance par sélection des bactéries résistantes capables de survivre en leur présence. Les microbes réellement responsables de cette diarrhée ne sont pas totalement identifiés. Mais, la diminution des populations de bactéries commensales de notre intestin s'accompagne souvent d'une augmentation parallèle du nombre de bactéries pathogènes. Clostridium difficile (C.difficile) en particulier, est une bactérie opportuniste qui profite de cet environnement pour proliférer en libérant des toxines responsables d'inflammations et entrainer diarrhées et colites. Grâce au financement de l'UE, le projet Amidim a pu étudier les effets des traitements antibiotiques de longue durée sur la santé. Les chercheurs ont également étudié le rôle exact de C. difficile dans l'environnement complexe du tractus gastro-intestinal. Pour leurs recherches, les scientifiques d'Amidim ont recruté des patients souffrants d'acné, une pathologie idéale pour ce genre d'études car elle nécessite souvent un traitement antibiotique de longue durée et de large spectre (tétracyclines souvent) sans autre pathologie additionnelle. Même si les tétracyclines sont très utiles, elles ne sont pas complètement absorbées dans le tractus supérieur et leur concentration devient progressivement très élevée dans le colon.Les chercheurs ont surveillé la diversité microbienne du colon pendant le traitement afin de déterminer quelle modification de populations pouvait être responsable de l'apparition des diarrhées. Comparée aux contrôles effectués avant traitement, l'administration d'antibiotiques modifie effectivement la composition microbienne. De plus, celle-ci ne revient pas à son état initial, même un mois après l'arrêt du traitement antibiotique. Par contre, aucune bactérie C. difficile n'a été détectée dans cette étude. En utilisant des biopuces à ADN, les scientifiques ont également analysé la composition génétique d'une souche de C. difficile afin de voir si la disponibilité en fer pouvait influencer le génotype de ce visiteur opportuniste. Les tétracyclines sont de puissants chélateurs du fer – elles sont capables de se lier fortement au fer et de former un composé avec lui. Le traitement antibiotique entraine un déséquilibre dans l'écologie complexe de notre intestin. Les recherches du projet permettront de rassembler les pièces de ce puzzle, de mieux comprendre comment les bactéries du tractus intestinal sont affectées par les traitements antibiotiques, quel est leur rôle pour la santé humaine et enfin de mieux appréhender les mécanismes qui mènent à la résistance.
