Que peuvent nous apprendre les bactéries vivant dans des environnements à température négative?
Quel que soit le climat et l'écosystème, les plantes s'associent à une grande variété de microorganismes. La microbiologie arctique a déjà découvert des communautés bactériennes adaptées aux basses températures, mais la recherche sur la diversité microbienne dans les climats froids présente des lacunes en ce qui concerne les bactéries endophytes des plantes arctiques. Les conséquences de ce manque de connaissances sont considérables, dans la mesure où le microbiote arctique a des utilisations potentielles en agriculture durable, industrie et pharmacie. Parmi les avantages connus des bactéries endophytes, on peut citer la mobilisation des nutriments, la stimulation de la croissance, la détoxification des polluants et le contrôle biologiques des phytopathogènes. Le projet Arctic endophytes («Diversity and beneficial properties of bacterial endophytes of arctic plants») s'est donc attaché à explorer la diversité des plantes arctiques hébergeant des bactéries endophytes. L'équipe financée par l'UE s'est aussi penchée sur la détermination des caractéristiques des bactéries endophytes en ce qui concerne leur rôle écologique potentiel et l'intérêt de leur utilisation. Les partenaires du projet ont caractérisé la diversité taxonomique et fonctionnelle de la flore endobactérienne de trois espèces de plantes arcto-alpines du nord-ouest de la Scandinavie. Ils ont isolé la flore endobactérienne à partir d'échantillons de plantes collectés sur trois sites, et analysé la diversité de la communauté endophyte ainsi que la diversité fonctionnelle des endobactéries cultivables. Ils ont pour cela utilisé la mise en culture, des méthodes fondées sur l'ADN et des tests d'activité. Les analyses de plus de 350 isolats de bactéries endophytes, ainsi que d'autres recherches, ont révélé la grande diversité de bactéries vivant en association avec les plantes arctiques. Les travaux ont montré que divers groupes de bactéries étaient étroitement associés à certaines espèces de plantes et quasiment absents des autres. Ils ont également découvert que la souche bactérienne Sphigomonas sp. montrait des profils métaboliques différents selon la plante hôte. Arctic endophytes est la première étude complète de la diversité endobactérienne dans l'Arctique. À partir de ses résultats, les chercheurs poursuivront leurs travaux au-delà de la durée du projet.
