De nouveaux marqueurs pour lutter contre les maladies de la carpe européenne
La carpe commune est par ordre d'importance, la troisième espèce d'eau douce la plus fréquemment élevée en pisciculture. Les programmes de sélection se sont jusqu'à présent concentrés sur la reproduction d'espèces consanguines afin d'en améliorer le rendement, cette stratégie apportant malheureusement aussi une plus grande susceptibilité des individus aux diverses maladies. Deux maladies spécialement, l'herpès virus de la carpe Koi (KHC, pour Koi herpes virus) et l'hérythrodermatite posent dans de nombreux pays de graves problèmes aux éleveurs. L'approche d'une sélection génétique de la résistance aux maladies s'accompagne malheureusement du risque de création d'espèces dites porteuses (de la maladie). C'est pourquoi, le projet Eurocarp financé par l'UE s'est donné pour objectif l'identification de gènes et de loci de caractères quantitatifs (QTL, pour quantitative trait loci) de résistance qui n'induisent pas la génération d'espèces porteuses. Les chercheurs d'Eurocarp ont facilité le développement de la banque de données Carpbase et des puces à ADN correspondants permettant de mesurer l'expression génétique. Un nouveau système de séquençage à haut débit de l'ADN a permis d'améliorer l'annotation des marqueurs de séquences exprimées ou EST (pour expressed sequence tags) et d'identifier les séquences génétiques qui ont ensuite été cartographiées. Les chercheurs d'Eurocarp ont réussi à identifier et caractériser de nombreux autres gènes corrélés aux maladies y compris ceux responsables de la réponse à l'exposition bactérienne et virale. Ils ont par exemple enregistré certains traits d'héritabilité élevée, corrélés avec un poids de récolte d'environ 1 kg et une bonne survie en culture. Dans l'ensemble, les données collectées suggèrent qu'un bénéfice considérable pourrait être obtenu par la reproduction sélective. Dans la version la plus récente de Carpbase, les ensembles de données ont été modélisés pour identifier de nouvelles approches optimales permettant d'améliorer sélectivement les différentes variétés mondiales de carpe. Les données génomiques d'Eurocarp (Genomic resources for carp) peuvent être consultées en ligne à l'adresse http://www.agf.liv.ac.uk/cb7pathways/(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) Pour le non initié, les scientifiques d'Eurocarp ont élaboré un catalogue en anglais et russe décrivant en détail l'élevage de 72 espèces de carpes dans différents zones climatiques naturelles d'Europe centrale et d'Europe de l'Est. Sans perdre de vue une perspective plus globale, le projet Eurocarp a permis d'obtenir des informations précieuses pour tous les intervenants de ce secteur spécifique dont le profil social et économique est très élevé dans l'UE.
