Les moteurs de l'évolution virale
Les virus s'attaquent tant à l'homme qu'aux plantes ou aux animaux, ils représentent par conséquent l'un des groupes connus les plus importants d'organismes pathogènes. La capacité d'adaptation intrinsèque des virus à de nouveaux hôtes et/ou de nouveaux environnements est en partie responsable de l'existence de si nombreuses espèces virales. Pourtant, les mécanismes exacts responsables de cette spéciation ne sont pas connus. Afin de mieux comprendre ces mécanismes de l'évolution virale, le projet RNAVIRSPE («Analysis of speciation mechanisms in RNA viruses»), financé par l'UE, a analysé le rôle de divers facteurs environnementaux. Les chercheurs ont également analysé le taux de mutation et le profil d'expression génétique de trois virus animaux et de trois virus végétaux. Les partenaires du projet estimaient en effet que de telles analyses, en plus d'être pertinentes scientifiquement, permettraient également de mieux comprendre l'émergence de nouveaux pathogènes. En utilisant les outils modernes de la bio-informatique, les chercheurs ont pu analyser de larges ensembles de séquences génomiques et générer plusieurs classifications phylogénétiques. Les résultats ont montré que certains virus possédaient des phylogénies conformes à leurs hôtes, mais tous les virus analysés ont évolué à des vitesses plus élevées que ces derniers. Cela suggère que l'adaptation à l'hôte plutôt qu'à la co-divergence hôte-virus influence l'évolution virale. De manière tout à fait intéressante, les chercheurs suggèrent également que la migration de l'hôte peut être un autre facteur de spéciation. Ainsi, la prévalence de l'épidémie du VIH dans les Caraïbes a permis aux chercheurs de montrer que la structure génétique de la population virale dépendait du pays d'origine. L'action humaine et l'hétérogénéité du paysage affectent également la diversification virale, probablement mue par la nécessité de s'adapter à un nouvel environnement. En plus des facteurs écologiques, il est devenu évident que certains facteurs génétiques pourraient gérer l'évolution de virus. Les virus à ARN dont certains gènes se chevauchent montrent une capacité réduite à générer de nouvelles variantes et par conséquent de nouvelles espèces. Pour accroitre la durabilité des protections virales procurées par la vaccination, il pourrait par conséquent être pertinent de cibler les gènes à évolution lente. Les informations générées par le projet RNAVIRSPE seront potentiellement utiles pour prévenir le développement de souches virales résistantes au traitement. Par ailleurs, la conception de nouvelles stratégies de lutte contre les pathologies virales devra prendre en compte l'hôte principal et ses voies de migration et pas seulement la disponibilité d'hôtes alternatifs.
Mots‑clés
Spéciation virale, évolution, facteur génétique, facteur environnemental, maladie virale, gestion de la maladie
