I fattori che guidano l'evoluzione virale
I virus colpiscono allo stesso modo uomini, animali e piante, e rappresentano quindi uno dei più importanti gruppi di parassiti patogeni. La relativa capacità dei virus di adattarsi a nuovi ospiti e/o ambienti è parzialmente responsabile dell'esistenza di così tante specie virali. Ma i meccanismi precisi alla base di tali eventi di speciazione non sono chiari. Per fare luce sull'evoluzione dei virus il progetto RNAVIRSPE ("Analysis of speciation mechanisms in RNA viruses"), finanziato dall'UE, ha analizzato il contributo di vari fattori ecologici. Questi sono stati abbinati alla valutazione dei tassi di mutazione e ai profili di espressione genica in tre gruppi di virus degli animali e tre di virus delle piante. Il razionale era che tali analisi, oltre a essere informative dal punto di vista scientifico, fornirebbero conoscenze fondamentali sull'emergere di importanti patogeni. Utilizzando strumenti di bioinformatica di ultima generazione gli scienziati hanno analizzato ampi dataset di sequenze genomiche, e generato ricostruzioni filogenetiche. I risultati hanno mostrato che alcuni virus avevano una filogenia congruente con il loro ospite, ma tutti i virus analizzati evolvevano più rapidamente del loro ospite. Ciò suggerisce che l'adattamento dell'ospite, piuttosto che la co-divergenza ospite-virus, influenza l'evoluzione del virus. È inoltre interessante che la migrazione degli ospiti sia stata indicata come un altro fattore responsabile della speciazione virale. Prendendo a esempio l'epidemia di HIV nei Caraibi, i ricercatori hanno potuto associare la struttura genetica di una popolazione di virus al paese di origine. Anche l'intervento umano e l'eterogeneità dei paesaggi influenzano la diversificazione dei virus, probabilmente guidati dalla necessità di adattarsi al nuovo ambiente. Oltre ai fattori ecologici, è ormai evidente che anche certi fattori genetici potrebbero mediare l'evoluzione dei virus. I virus a RNA con geni sovrapposti mostravano una ridotta capacità di generare nuove varianti e formare nuove specie. Il targeting dei geni che si evolvono lentamente potrebbe quindi essere utilizzato per aumentare la durata della protezione mediata dai vaccini. Le informazioni generate nel corso di RNAVIRSPE potrebbero essere adattate per prevenire lo sviluppo di ceppi virali resistenti ai farmaci. Inoltre per progettare strategie di controllo efficaci per le malattie virali, si dovrebbero considerare, oltre alla disponibilità di ospiti alternativi, anche l'ospite virale principale e i suoi percorsi migratori.
