Nettoyage des programmes de sélections porcins
Les progrès extraordinaires de la génomique et des techniques de cartographie permettent maintenant d'améliorer presque tous les traits de rendement du bétail. Ces progrès sont maintenant disponibles pour chaque éleveur de porc et pour les obtenteurs commerciaux de race porcine qui peuvent profiter de la technologie du marquage génétique qui restait auparavant l'apanage des seuls laboratoires de biotechnologie. Le projet Pigsnp («SNPs of high utility within European commercial pig breeds») a voulu affiner la recherche de traits utiles pour les races porcines commerciales en utilisant une nouvelle technique d'identification des polymorphismes de nucléotides simples (SNP). Comme son nom l'indique, un SNP implique une différence d'un seul nucléotide ou d'une seule paire de bases le long de la séquence ADN. Les implications d'une identification d'un polymorphisme simple sont vraiment significatives. Les variations que l'on peut identifier dans le génome de chaque espèce sont innombrables et les éleveurs d'espèces animales ou végétales peuvent ainsi adapter spécifiquement leurs programmes de sélections jusqu'à obtenir le trait désiré parfait. Les partenaires du projet ont analysé 158 échantillons d'ADN recueillis à partir des cinq races principales de porc, les races Duroc, Pietrain, Landrace, Large White (grand porc blanc) et Wild Boar. Ils ont pu utiliser la technologie de séquençage à haut débit Illumina Solex qui permet d'obtenir une très grande surface de réaction avec plusieurs milliers de réactions chimiques en parallèle. Les chercheurs ont ainsi isolé plus de 350000 SNP de grande qualité qu'ils ont associé avec des polymorphismes provenant d'autres sources pour construire une banque de données contenant plus d'un demi-million de SNPs. En utilisant une puce PorcineSNP60 Beadchip pour valider les SNP et déterminer leur valeur génétique, les chercheurs du projet ont pu isoler 43000 SNP qui ont été mis gratuitement à la disposition de la communauté scientifique. Sur ces 43000, près de 4500 se sont révélés spécifiques pour chaque race. D'un point de vue pratique, le trait génétique que les éleveurs veulent absolument éliminer de leur élevage est celui de l'odeur de verrat provenant de certaines hormones anabolisantes testiculaires et qui confère un goût désagréable à la viande. Les chercheurs ont utilisé la technologie Beadchip pour génotyper les porteurs potentiels de cette odeur. L'emploi des marqueurs génétiques permettra d'éliminer le recours à la castration qui reste pour l'instant le seul moyen d'éviter le goût désagréable de la viande. Même si le génome porcin nécessite des analyses complémentaires et l'annotation précise des gènes responsables des caractères indésirables, la puce PorcineSNP60 Beadchip créé par les partenaires du projet présente d'indéniables qualités pratiques pour le secteur de l'élevage porcin. Cette extension des limites du génotypage au nucléotide isolé pourra sans nul doute être appliquée à d'autres programmes de sélection et aux études de génomique en général.
