Porządki w programach hodowli
Rewolucja w genomice i technikach sekwencjonowania genów pozwala udoskonalać niemal każdy aspekt hodowli zwierząt. Hodowcy świń mogą korzystać z technologii markerów genetycznych, która dawniej była domeną wyłącznie zaawansowanych laboratoriów. Celem projektu "SNP o dużych możliwościach zastosowania w europejskich komercyjnych hodowlach trzody" (Pigsnp) było wyselekcjonowanie przydanych cech trzody hodowlanej przy pomocy nowej techniki umożliwiającej wyszukiwanie polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (SNP). Jak sama nazwa wskazuje, SNP zachodzi w przypadku różnicy na poziomie jednego nukleotydu w nici DNA. Implikacje identyfikacji SNP są rzeczywiście bardzo istotne. Wyszukiwanie zmian w genomach wszystkich gatunków jest zadaniem o astronomicznej skali, ale hodowcy roślin i zwierząt mogą dostosowywać swoje programy do konkretnych wymaganych cech. Uczestnicy projektu Pigsnp przeanalizowali 158 próbek DNA pochodzących od pięciu dużych ras: Duroc, Pietrain, Landrace, Wielka Biała Angielska oraz dzik. Wykorzystali wysokoprzepustową technologię sekwencjonowania Illumina Solex, która umożliwia analizowanie wielu tysięcy równoległych reakcji chemicznych. Wyizolowano ponad 350 000 wiarygodnych SNP oraz stworzono bazę ponad miliona SNP, w tym także polimorfizmów pochodzących z innych źródeł. Dzięki zastosowaniu układu beadchip PorcineSNP60 do przetestowania SNP i oceny ich przydatności genetycznej, naukowcy uzyskali około 43 000 SNP, które następnie udostępnili nieodpłatnie innym badaczom. Z tej grupy niemal 4500 jest na pewno swoistych dla danych ras. Jedną z cech, której chcą się pozbyć hodowcy, jest tzw. zapach knura nadający mięsu nieprzyjemny smak i wywoływany przez pewne hormony anaboliczne. Układ beadchip wykorzystano do badania genotypu świń w kontekście zapachu knura. Użycie markerów genetycznych pozwoli wyeliminować konieczność kastrowania zwierząt, które było dotąd jedyną metodą gwarantującą odpowiedni smak mięsa. Mimo że potrzebne są dodatkowe analizy i oznaczenia genomu świń pod kątem konkretnych genów odpowiedzialnych za niepożądane cechy, układ beadchip PorcineSNP60 zaprojektowany przez uczestników projektu Pigsnp z pewnością znajdzie wiele zastosowań w hodowli trzody. Rozszerzenie analiz genotypu na pojedyncze nukleotydy może zostać wykorzystane w innych programach hodowlanych i badań genomicznych.
