Progressi in analisi computazionale per la biologia sperimentale
La natura della maggior parte delle aree di ricerca è diventata sempre più complessa e richiede un approccio realmente multidisciplinare. Nonostante le collaborazioni con esperti siano utili, i singoli devono avere conoscenze almeno di base sulle aree generiche ma interrelate per mantenere un vantaggio concorrenziale e trarre conclusioni migliori. Gli sperimentatori tradizionali devono avere almeno conoscenze lavorative di matematica, fisica e informatica per interpretare i risultati di altri studiosi. Chi conduce esperimenti su banchi di prova deve avere almeno le competenze necessarie per sfruttare la capacità predittiva e validante di modelli e analisi statistiche in base ai propri dati sperimentali. Nonostante i notevoli progressi in bioinformatica, pochi laboratori utilizzano veramente gli strumenti computazionali per sfruttare la capacità di più di un database. Per trasformare la biologia dei sistemi nello stesso modo in cui il genoma ha trasformato la genetica, rendendo dati e strumenti disponibili liberamente a tutti, alcuni scienziati europei hanno avviato il progetto ENFIN ("An experimental network for functional integration"). I ricercatori del progetto avevano l'obiettivo di fornire a piccoli laboratori sperimentali le risorse necessarie per includere la biologia computazionale nei loro progetti di ricerca. Hanno cercato di integrare un vasto elenco di database e strumenti computazionali per offrire un facile accesso al fine di recuperare ed elaborare i dati automaticamente. Lo studio di caso originale era sui segnali intracellulari legati al ciclo cellulare. Il consorzio ha creato la piattaforma di integrazione EnCORE disponibile come raccolta di servizi Web compatibili. Ha adattato l'esistente database Intact per catturare previsioni su potenziali interazioni proteiche e ha sviluppato il database Reactome per consentire la visualizzazione e l'esportazione di reti molecolari. L'infrastruttura dati e tecnologia consiste di un registro di banche dati attendibili nonché di una suite di strumenti di calcolo per prevedere potenziali funzioni molecolari. La tecnologia ENFIN e gli strumenti per l'integrazione e la modellazione dei dati sono stati accolti con molto entusiasmo dalla comunità di biologia cellulare sperimentale. Si prevede che gli strumenti verranno applicati anche per scopi diversi da quelli originari legati ai segnali intracellulari. la tecnologia consentirà ai piccoli laboratori di sfruttare il ciclo di esperimenti, la modellazione dei dati per previsione e convalida e I nuovi esperimenti basati sull'analisi. In generale la suite EnCORE potrebbe consentire di ottenere nuove e interessanti informazioni sui sistemi biologici e sulle relative funzioni.
