Postęp analizy obliczeniowej w biologii doświadczalnej Finansowani ze środków UE naukowcy zidentyfikowali kluczową rolę baz danych oraz narzędzi analitycznych w postępach prac biologów doświadczalnych. Aby ułatwić ich zastosowanie, naukowcy opracowali łatwo dostępną i przyjazną użytkownikom platformę integracyjną usług sieciowych. Gospodarka cyfrowa © Thinkstock Charakter większości dziedzin badawczych staje się coraz bardziej złożony, wymagające prawdziwie multidyscyplinarnego podejścia. Chociaż współpraca między ekspertami jest owocna, poszczególne osoby potrzebują co najmniej podstawowej znajomości wielu wzajemnie powiązanych dziedzin, aby zachować przewagę konkurencyjną oraz wyciągać lepsze wnioski. Tradycyjni eksperymentaliści muszą co najmniej posiadać praktyczną znajomość matematyki, fizyki i informatyki w celu interpretacji wyników innych. W najlepszym przypadku naukowcy przeprowadzający doświadczenia muszą posiadać umiejętności niezbędne do wykorzystywania mocy predykcyjnej i potwierdzającej modeli oraz analiz statystycznych w oparciu o ich własne dane eksperymentalne. Pomimo ogromnego postępu w dziedzinie bioinformatyki, stosunkowo niewiele laboratoriów stosuje narzędzia obliczeniowe w celu wykorzystania mocy wielu baz danych. Aby przekształcić biologię systemów w sposób podobny do tego, jak projekt genomu przekształcił genetykę, udostępniając wszystkim nieodpłatnie dane i narzędzia, europejscy naukowcy zainicjowali projekt "Eksperymentalna sieć na rzecz integracji funkcjonalnej" (ENFIN). Badacze skoncentrowali się na zaopatrywaniu małych doświadczalnych laboratoriów w zasoby niezbędne do uwzględnienia biologii obliczeniowej w projektach badawczych. Podjęli się oni integracji szerokiej listy baz danych i narzędzi obliczeniowych w celu zapewnienia łatwego dostępu oraz automatycznego wyszukiwania i przetwarzania danych. Pierwotne studium przypadku obejmowało sygnalizację wewnątrzkomórkową związaną z cyklem komórkowym. Konsorcjum dostarczyło platformę integracyjną EnCORE, dostępną jako zbiór usług sieciowych. Dane i infrastruktura technologiczna obejmują rejestr zaufanych baz danych, jak również bazę EnCORE w celu konstruowania prognoz na temat potencjalnych funkcji komórkowych generowanych przez platformę analiz obliczeniowych. Technologia ENFIN i narzędzia do integracji danych oraz modelowania zostały przyjęte z ogromnym entuzjazmem w społeczności eksperymentalnych biologów komórkowych. Bez wątpienia niecierpliwie oczekiwane będzie rozszerzenie narzędzi poza pierwotny zakres zainteresowania obejmujący sygnalizację wewnątrzkomórkową. Technologia powinna umożliwić małym laboratoriom wykorzystanie cyklu eksperymentów, modelowania danych do prognoz i walidacji oraz nowych doświadczeń opartych na analizach. Zasadniczo pakiet EnCORE może ułatwić uzyskanie nowego wglądu w zakresie systemów biologicznych i ich funkcji.
