La génomique fonctionnelle du rat transposée en conditions cliniques
La génération récente de clones modèles de rat et les succès enregistrés en génomique de haut débit devraient avoir un impact majeur sur les protocoles de soins. Les études de génomique fonctionnelle sur les gènes multiples dont l'influence cumulée confère une prédisposition à certaines maladies pourraient en particulier modifier profondément la façon d'aborder le traitement des maladies. Grâce aux outils modernes de la génomique et l'aide de rats modèles, le projet Euratools («European rat tools for functional genomics») voulait accroître nos connaissances afin d'améliorer la pratique clinique de maladies fréquentes en Europe. L'identification rapide de gènes et de voies de signalisation à l'origine de phénotypes morbides chez le rat est maintenant possible grâce à la masse importante de données disponibles concernant la génomique de l'animal. Lors de l'achèvement du projet, une approche radicalement différente de l'analyse des données a été prise par les chercheurs en raison de l'accès croissant des scientifiques aux ressources génomiques. L'association de ces données avec la bioinformatique rend maintenant possible une croissance quasi exponentielle des séquences d'ADN complémentaires, des séquences de nouveaux mutants et la génération de nouvelles plateformes de dépistage systématique de très haut débit. L'Institut européen de bioinformatique (EBI - European Bioinformatics Institute) a par exemple développé l'atlas «ArrayExpress Atlas of Gene Expression», une base qui compile les données de génomique fonctionnelle et regroupe les informations sur l'expression des gènes dans différentes expériences et certaines conditions biologiques particulières. Tout le long du projet, des cours et conférences ont permis de faire progresser les connaissances bioinformatiques sur le génome du rat. Les travaux étaient particulièrement axés sur les maladies représentant des défis majeurs pour le système de santé en Europe. Le génome complet de rat spontanément hypertendu a par exemple été séquencé. Les chercheurs ont également découvert un réseau inflammatoire. Conservé chez l'homme, ce réseau biochimique participe au développement du diabète de type I. Les chercheurs ont également procédé à une analyse fonctionnelle interactive de nouveaux gènes et leur implication dans certaines maladies cardiovasculaires et inflammatoires. Les résultats de la génomique du rat ont permis d'annoter le génome humain. Les chercheurs ont également optimisé les protocoles de modification de lignées germinales qui pourront ainsi être utilisées pour de futures expériences de génomique fonctionnelle. Les partenaires du projet Euratools ont mis en place une bibliothèque de souches vivantes et congelées de rats dont plus de 500 embryons transgéniques ou mutants. Les travaux d'Euratools ont généré de nouvelles ressources qui permettront de mieux comprendre certains traits génétiques complexes dont de nombreux jouent un rôle fondamental pour la santé des Européens. Ils permettront de développer de nouvelles thérapies pour prévenir et traiter les nombreuses maladies chroniques fréquentes qui prédominent dans nos sociétés d'abondance.
