Genomika funkcjonalna szczurów wkracza do kliniki
Nowe odkrycia w dziedzinie klonowania szczurów oraz wysokoprzepustowych technologii genomicznych powinny mieć ogromne znaczenie dla medycyny. W szczególności badania nad genomiką funkcjonalną dotyczące genów odpowiedzialnych za predyspozycje do zachorowań na różne choroby, uwzględniające dane na temat wielu genów, powinny gruntownie odmienić oblicze metod leczenia schorzeń. Celem projektu "Europejskie, oparte na modelu szczurzym narzędzia genomiki funkcjonalnej" (Euratools) było wykorzystanie zaawansowanych narzędzi genomicznych i modelu szczurzego do uzyskania informacji pozwalających udoskonalić metody leczenia najważniejszych chorób w Europie. Teraz, dzięki większej dostępności materiału genomicznego szczurów, możliwe jest szybkie identyfikowanie genów i szlaków będących podstawą fenotypów złożonych chorób tych gryzoni. Projekt zaowocował zupełnie nowym podejściem do analizy danych ze względu na lepszy dostęp do danych genomu szczurów. Wykorzystanie bioinformatyki przekłada się na znaczący rozwój w zakresie badań nad nowymi komplementarnymi sekwencjami DNA, nowymi wariantami sekwencji i różnymi nowymi platformami do wysokoprzepustowych analiz. W Europejskim Instytucie Bioinformatyki stworzono atlas ekspresji genów (ArrayExpress Atlas of Gene Expression), zawierający kompilację informacji genetycznych pochodzących z różnych doświadczeń prowadzonych w różnych warunkach biologicznych. W czasie realizacji projektu odbyły się także kursy i spotkania poświęcone informatyce genomu szczura. Projekt skupiał się na chorobach będących największymi wyzwaniami, przed jakimi stoi europejska opieka zdrowotna. Dokonano sekwencjonowania całego genomu szczurów SHR (z nadciśnieniem tętniczym). Innym ważnym osiągnięciem było odkrycie sieci zapalnej. Ta występująca u ludzi sieć biochemiczna sprzyja rozwojowi cukrzycy typu I. Naukowcy przeprowadzili także analizę funkcjonalną i interakcyjną nowych genów i ich szlaków uczestniczących w chorobach układu krążenia i zapalnych. Wyniki badań nad genomiką szczurów powiązano z genomem ludzkim. Na potrzeby aktualnych i przyszłych badań, dokonano optymalizacji procedur modyfikacji linii germinalnej. W ramach inicjatywy Euratools stworzono repozytorium żywych i zamrożonych odmian szczura, wraz z ponad 500 transgenicznymi i zmutowanymi zarodkami. Opracowano także nowe zasoby, które pozwolą lepiej zrozumieć złożone cechy genetyczne, z których wiele odgrywa ważną rolę w zdrowiu Europejczyków. Dzięki temu możliwe będzie stworzenie nowych terapii lekowych pozwalających zapobiegać i leczyć wiele chorób przewlekłych dotykających bardziej zamożnych społeczeństw.
