Une vue globale de l'infection bactérienne
Ces deux dernières décennies, les recherches sur les maladies infectieuses ont adopté une perspective à courte vue en se focalisant uniquement sur la contribution individuelle de chaque paramètre. Cette approche est malheureusement risquée car elle est susceptible de sous-estimer ou de surestimer l'importance de certains paramètres lorsqu'il s'agit d'appliquer ces données au développement d'une nouvelle thérapie anti-infectieuse. C'est pourquoi le projet PNEUMOPATH («A comprehensive dissection of pneumococcal-host interactions») a décidé d'adopter une vue globale des facteurs les plus souvent impliquées dans cette interaction hôte-pathogène. Cette initiative financée par l'UE a ainsi étudié la bactérie Streptococcus pneumonia (S. pneumonia) et déterminé l'importance des facteurs de virulence (et des gènes associés) sur la pathogénèse et la transmission de l'infection. Les facteurs de virulence jouent un rôle particulièrement important dans des phénomènes comme la résistance aux antibiotiques, la sensibilité du patient ou le site d'infection. Les facteurs de virulence individuels d'une espèce bactérienne, comme la production d'un biofilm où les bactéries s'organisent pour s'agréger et former un mucus imperméable, ont également été pris en compte par les chercheurs du projet. Ils ont utilisé les dernières techniques de la transcriptomique, de la protéomique et de la métabolomique ainsi que les tous derniers instruments de gestion des données pour ces travaux de recherche. Trois modèles in vivo de maladies infectieuses et quatre modèles tissulaires in vitro ont permis de générer ces données. Les chercheurs ont confirmé l'expression différentielle de plus de 100 gènes bactériens lors de l'attachement des pathogènes sur les cellules épithéliales de leur hôte. Les gènes codant pour les protéines de l'enveloppe cellulaire se sont révélés être les plus stimulés lors de cette phase. Les chercheurs ont également observé des profils de croissance et de flux, spécifiques à la souche étudiée. Les gènes impliqués concernaient essentiellement ceux du métabolisme des acides aminés et certains associés à la virulence bactérienne. Au moins un régulateur global de l'expression génétique a été identifié dans ces souches. Par ailleurs, les chercheurs ont réussi à isoler les variations importantes et distinctes des différentes souches de S. pneumonia. D'autres sont à prévoir, au fur et à mesure de l'avancement des travaux. L'identification de ces facteurs essentiels pour l'interaction hôte-pathogène permettra d'établir un meilleur diagnostic et de développer des protocoles thérapeutiques et préventifs sur des bases plus solides.
