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Serving Life-science Information for the Next Generation

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Utilización óptima de la información biomolecular

Los avances tecnológicos en el área de las ciencias de la vida ha producido una gran cantidad de información biomolecular, desde los genomas y las proteínas hasta el comportamiento molecular y las interacciones. Optimizar el acceso a herramientas de formación garantizará un uso correcto de estos datos para aplicaciones en medicina y nutrición, así como en silvicultura, pesca y protección del medio ambiente.

Salud

Para hacer esto posible, se inició el proyecto financiado por la UE «Serving life-science information for the next generation» (SLING) . Las actividades de este proyecto apoyarán la investigación comercial y académica en Europa, y las actividades de capacitación asegurarán un uso óptimo de los datos biomoleculares.Los investigadores habilitaron el acceso a bases de datos y servicios exhaustivos ofrecidos por instituciones como el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB), la Oficina Europea de Patentes (OEP) y el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). SLING también estableció un repositorio de artículos completos y otro de más de un millón de patentes íntegras (a través de la OEP). Se facilitó un acuerdo de intercambio de datos entre repositorios importantes como el Gene Expression Omnibus del «Centro Nacional de Información Biotecnológica» (NCBI, Estados Unidos) y ArrayExpress (de Europa). Los investigadores pueden ahora acceder a dos bases de datos que antes estaban desconectadas (IntAct, de interacciones moleculares, y PRIDE, de espectrometría de masas) y relacionar entre sí los datos pertinentes de cada una. Se han desarrollado herramientas de minería de texto para mejorar el valor de la información enzimática y química contenida en la base de datos de enzimas BRENDA y la base de datos ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest). Se desarrollaró también software de código abierto y herramientas pertinentes de remisión de datos para facilitar la integración de datos y la investigación sin restricciones por licencia. Algunos logros notables son el desarrollo y la adopción de directrices para denominación de proteínas, así como una herramienta generada por la comunidad llamada MINSEQE dedicada a datos de transcriptómica basados ​​en secuenciación de próxima generación. A raíz de ello, se han recopilado grandes cantidades de datos biomoleculares, se han anotado, organizado y difundido en Europa y el resto del mundo. SLING financió un programa de formación consistente en treinta y tres giras por toda Europa que están disponibles en línea en forma de cursos en el sitio web del proyecto. Sólo en el primer año, unos veinticuatro mil investigadores accedieron a los cursos de formación en línea. Como resultado de las actividades de SLING, las visitas a la web de EBI fueron de más de tres millones al día. Los resultados del proyecto se difundieron también a través de la publicación de artículos y un manual. El proyecto ha logrado avances significativos en cuanto a la creación de infraestructura, métodos y experiencia de conservación de medios. Los datos y servicios punteros proporcionados por SLING tendrán implicaciones positivas incalculables para la investigación y el desarrollo de la UE en el ámbito de las ciencias de la vida.

Palabras clave

Biomolecular, minería de texto, infraestructura de investigación, conservación, repositorio, ciencias de la vida, transcriptómica, intercambio de datos

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