Skip to main content

Serving Life-science Information for the Next Generation

Article Category

Article available in the folowing languages:

Utilizzo ottimizzato delle informazioni biomolecolari

I progressi tecnologici nel campo delle scienze della vita hanno prodotto una ricchezza di informazioni biomolecolari che vanno dal genoma e le proteine,​al comportamento e le interazioni molecolari. Ottimizzare l'accesso con strumenti di formazione assicurerà il corretto utilizzo di questi dati per applicazioni in campi come la medicina e la nutrizione, ma anche nella silvicoltura, la pesca e la tutela dell'ambiente.

Salute

Per renderlo possibile, è stato avviato il progetto SLING ("Serving life-science information for the next generation"), finanziato dall'UE. Le attività di questo progetto sosterranno la ricerca commerciale e accademica in Europa e le attività di formazione garantiranno l'utilizzo ottimale dei dati biomolecolari. È stato permesso l'accesso per i ricercatori a banche dati e servizi completi di istituti come l'Istituto svizzero di bioinformatica (SIB), l'Ufficio europeo dei brevetti (UEB) e l'Istituto europeo di bioinformatica (EBI). SLING ha anche creato un archivio di articoli completi e un deposito di brevetti completi (tramite l'UEB), con oltre un milione di brevetti completi. È stato facilitato un accordo di scambio di dati tra grandi archivi pubblici come il Gene Expression Omnibus e European ArrayExpress del National Center for Biotechnical Information (NCBI). Due banche dati precedentemente non connesse - IntAct (per le interazioni molecolari) e PRIDE (per la spettrometria di massa) - sono ora accessibili per i ricercatori per associare dati rilevanti sulla spettrometria di massa con i dati IntAct. Sono stati sviluppati strumenti per l'estrazione di testi per aumentare il valore delle informazioni riguardanti gli enzimi e la chimica nella banca dati degli enzimi BRENDA e il database Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI). Sono altresì stati sviluppati software e strumenti di presentazione open-source pertinenti, per facilitare l'integrazione e la ricerca di dati senza restrizioni di licenza. Alcuni risultati degni di nota sono lo sviluppo e l'adozione di linee guida per la denominazione delle proteine e uno strumento generato dalla comunità chiamato MINSEQE per la prossima generazione di dati di trascrittomica basata sul sequenziamento. Come risultato, sono stati raccolti, annotati e organizzati grandi quantità di dati biomolecolari, che sono poi stati diffusi in Europa e nel mondo. SLING ha finanziato un programma di formazione di 33 eventi itineranti in tutta Europa, che sono disponibili come corsi online sul sito web del progetto. Nel solo primo anno, i corsi di formazione online sono stati seguiti da circa 24 000 ricercatori. In seguito alle attività di SLING, le visite al sito EBI superano i 3 milioni al giorno. I risultati del progetto sono stati diffusi attraverso la pubblicazione di articoli e un libro di testo. Il progetto ha compiuto notevoli progressi per quanto riguarda la fornitura di infrastrutture, metodi e competenza curatoriale. I dati e servizi d'avanguardia forniti da SLING avranno implicazioni positive incalcolabili per la ricerca e sviluppo dell'UE in campo delle scienze della vita.

Parole chiave

Biomolecolare, estrazione di testi, infrastrutture di ricerca, curatoriale, repository, scienze della vita, trascrittomica, scambio di dati

Scopri altri articoli nello stesso settore di applicazione