Optimiser l'usage des informations biomoléculaires

Les progrès technologiques dans le domaine des sciences humaines ont permis de générer une importante quantité d'informations biomoléculaires allant des génomes aux protéines aux comportements et interactions moléculaires. L'optimisation de l'accès avec les outils de formation doit permettre un usage adéquat de ces données pour des applications dans le domaine de la médecine et de la nutrition, ainsi que dans les industries forestières, le secteur de la pêche et la protection de l'environnement.

Santé

C'est dans ce but que le projet SLING («Serving life-science information for the next generation») a été lancé. Les activités de ce projet soutiennent la recherche académique et commerciale en Europe et les activités de formation garantiront une utilisation optimale des données biomoléculaires. Les chercheurs ont eu accès à des bases de données et des services complets d'instituts tels que l'Institut suisse de bio-informatique (Swiss Institute of Bioinformatics, SIB), l'Office européen des brevets (OEB) et l'Institut européen de bio-informatique (European Bioinformatics Institute, EBI). SLING a également réalisé une archive d'articles en texte plein et une archive de brevets en texte plein (via l'OEB) contenant plus d'un million de brevets en texte plein. Une convention d'échange de données a été conclue entre d'importantes archives telles que le Centre national pour les informations biotechniques (National Center for Biotechnical Information, NCBI), Gene Expression Omnibus et la base de données européenne ArrayExpress. Deux bases de données précédemment non connectées, IntAct (pour interactions moléculaires) et PRIDE (pour la spectrométrie de masse), sont maintenant accessibles aux chercheurs pour associer les données de la spectrométrie de masse avec les données IntAct. Des outils d'exploration des textes ont été développés pour améliorer la valeur des informations dans la base de données des enzymes BRENDA et la base de données Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI). Des logiciels ouverts pertinents et des outils d'envoi ont également été développés pour faciliter l'intégration de données et la recherche sans limite au niveau des licences. Parmi les réalisations notables, citons le développement et l'adoption de directives pour la dénomination des protéines, ou l'outil généré par la communauté et baptisé MINSEQE pour les données transcriptomiques basées sur le séquençage de la nouvelle génération. Il en résulte que de grandes quantités de données biomoléculaires ont été rassemblées, annotées, organisées et disséminées en Europe et dans le monde. SLING a financé un programme de formation de 33 tournées de présentation en Europe disponibles en ligne comme cours sur le site web du projet. Au cours de la première année seulement, environ 24 000 chercheurs ont suivi les cours de formation en ligne. Résultat des activités de SLING, le site Internet de l'EBI a enregistré plus de 3 millions de visites par jour. Les résultats du projet ont également été diffusés via la publication d'articles et d'un ouvrage. Le projet a enregistré d'importants progrès au niveau de la fourniture d'infrastructures, de méthodes et d'expertise de conservation. Les services et les données de pointe fournis par SLING ont des implications positives incalculables pour la recherché et le développement au sein de l'UE dans le domaine des sciences humaines.