Öffentlich zugängliche Proteomikdatenbanken
Die Proteomik beschäftigt sich mit der Analyse des Proteoms, also des gesamten, komplexen Satzes von Proteinen in einem Organismus. Um die Biologie eines Einzelproteins in seiner zellulären Umgebung zu klären, müssen auch alle interagierenden Moleküle bekannt sein. Proteininteraktionsdaten werden mit verschiedensten Methoden generiert, die bereits in vielen Interaktionsdatenbanken zusammengeführt wurden. Das Konsortium "International Molecular Exchange" (IMEx) optimierte die Dienste dieser Datenbanken für die Forschung. Dies beinhaltete die kontrollierte Wiederherstellung von Daten für einen singulären, nicht redundanten Datensatz mit durchgängiger Annotation und einheitlich hohem Standard. Vor kurzem initiierte das EU-finanzierte Projekt PSIMEX (Proteomics standards international molecular exchange - systematic capture of published molecular interaction data) den nächsten Schritt und überführte das IMEx vom Sondierungsmodus in den vollen Betriebsmodus. PSIMEX entwickelte ein Portal, über das aggregierte Proteininteraktionsdaten aus europaweiten Datenbanken abgerufen werden können. Ende August 2013 umfasste IMEx bereits 10 Datenbanken mit 284.402 Interaktionen aus 8.067 Publikationen. Die zentrale IMEx-Datenbank ordnete jeder Publikation eindeutige Kennungen zu. Eine spezialisierte webbasierte Methode integriert neue Ressourcen für die Datenwiederherstellung auf IMEx-Ebene für IntAct: einer Open-Source-Datenbank zu molekularen Interaktionen. Alle Daten sind entweder über eine zentrale Webseite oder lokal über die Mitgliederdatenbanken abrufbar. Den Forschern stehen Daten und Software dann unter Lizenz der Creative Commons Attribution zur freien Verfügung. PSIMEX organisierte zudem eine Workshopreihe zur Auswertung der Daten für umfangreiche Netzwerkanalysen. Die Unterweisungen erfolgen über Online-Lernmodule, Lehrprogramme und Anleitungen für neue Nutzer. Mit dem leichteren Zugang zu Proteomikdaten leistet PSIMEX einen Beitrag zur Entwicklung neuer Arzneimittel, biopharmazeutischer Produkte und Pestizide, was der Bevölkerungsgesundheit und der Agrarwirtschaft in Europa zugute kommen wird.
Schlüsselbegriffe
Proteomik, Datenbank, molekular, Datenwiederherstellung, Veröffentlichung
