Udostępnianie baz danych proteomicznych
Przedmiotem proteomiki jest badanie proteomu, czyli całego zestawu białek produkowanych przez organizm. W celu wyjaśnienia biologii pojedynczego białka w obrębie środowiska komórkowego, konieczna jest znajomość molekuł, z którymi oddziałuje. Istnieje wiele różnych metod generowania danych dotyczących oddziaływań białek. Obecnie dostępnych jest wiele interaktywnych baz danych zestawiających te informacje. Członkowie konsorcjum "Międzynarodowej Wymiany Molekularnej" (IMEx) zoptymalizowali usługi dostarczane społeczności badawczej przez te bazy danych. Wprowadzili zarządzanie przechowywaniem, pozwalające osiągnąć pojedynczy zestaw niepowielonych, konsekwentnie opisanych, danych, aby utrzymać jednolity, wysoki poziom. Ostatnio uczestnicy finansowanego przez UE projektu PSIMEX(odnośnik otworzy się w nowym oknie) (Proteomics standards international molecular exchange - systematic capture of published molecular interaction data) zrobili kolejny krok, przenosząc IMEx z trybu badawczego w pełni funkcjonalny. Uczestnicy projektu PSIMEX stworzyli portal dostępu do przechowywanych w bazach danych całej Europy, zbiorczych danych dotyczących oddziaływań białkowych. Na koniec sierpnia 2013 r. IMEx obejmował dziesięć baz danych, obejmujących 284402 oddziaływania dostępne na podstawie 8067 publikacji. Pracownicy centralnej bazy danych IMEx przydzielili unikalne identyfikatory każdej z publikacji. Zaawansowane narzędzie internetowe do przechowywania danych umożliwia spełnienie standardów przechowywania IMEx w ramach zasobów IntAct: bazy danych oddziaływań molekularnych typu open source. Wszystkie dane są dostępne albo na głównej stronie internetowej, albo lokalnie na stronach członkowskich. Wszystkie dane i oprogramowanie są nieodpłatnie dostępne do użytku dla społeczności naukowej na licencji "Creative Commons". Uczestnicy projektu PSIMEX przyczynili się do zorganizowania serii warsztatów dotyczących korzystania z danych w wielkoskalowej analizie sieciowej. Niezbędne informacje zawarto w modułach szkoleniowych online, samouczkach i instrukcjach dla nowych użytkowników. Zwiększona dostępność danych proteomicznych poprzez PSIMEX umożliwi tworzenie nowych farmaceutyków, bioceutyków i pestycydów, co przyniesie korzyści dla zdrowia publicznego oraz europejskiego rolnictwa.
