Standardizzare la metabolomica
I metaboliti sono i prodotti finali di tutti i processi cellulari all'interno di una cellula, di un tessuto o di un organismo, e includono intermedi metabolici, ormoni e altre molecole di segnalazione. La creazione ad alta processività di profili quantitativi e qualitativi dei metaboliti, detta metabolomica, si riferisce allo stato fisiologico all'interno di un organismo o tessuto. Ma l'assenza di standardizzazione nei metodi di analisi dei metabolomi, unita alla mancanza di un database pubblico che contenga dati metabolomici, influisce in modo significativo sui risultati degli esperimenti. Considerata inoltre l'immensa eterogeneità delle caratteristiche chimiche e fisiche dei metaboliti e le loro differenti concentrazioni, la loro analisi risulta particolarmente difficile. In questo contesto il progetto METABOLOMICSSTANDARD ("Metabolomics: Defining the standards for sample preparation of small molecules"), finanziato dall'UE, mirava a ottimizzare e istituire metodologie uniformi per la preparazione e l'estrazione dei campioni. Queste fasi sono fondamentali nell'analisi metabolomica per preservare i metaboliti e ottenere uniformità dei risultati. Analisi di mercato indicavano specifiche lacune nei protocolli correnti di preparazione dei campioni, e i ricercatori hanno così iniziato a progettare e mettere a punto la strategia di stabilizzazione. A tal fine hanno esaminato una lista di agenti stabilizzanti e adattato di conseguenza i protocolli di preparazione dei campioni per garantire la minima interazione degli utenti durante la raccolta, lo stoccaggio e l'invio dei campioni. La strategia sviluppata è stata creata ottimizzando vari parametri, inclusi pH, redox, attività enzimatica e separazione delle molecole. L'analisi dei metaboliti è stata ottimizzata in diversi materiali biologici, prevalentemente tessuto vegetale e sangue umano, ed è stata testata la riproducibilità delle metodologie. Sono stati creati anche due dispositivi a supporto dell'approccio di stabilizzazione rapida. La metodologia sviluppata era incentrata sull'ottimizzare l'uso della risonanza magnetica nucleare (NMR) e della cromatografia liquida-spettrometria di massa (LCMS) In generale le attività di METABOLOMICSSTANDARD hanno contribuito all'avanzamento del settore della metabolomica. La divulgazione dei protocolli ottimizzati ne favorirà un uso diffuso, rendendo possibile l'utilizzo dell'impronta metabolica di diversi tessuti per la diagnosi delle malattie.
