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Autonomous Computing Artificial Cells

Descrizione del progetto

DNA e capsule semipermeabili formano cellule artificiali per applicazioni di calcolo molecolare

Negli ultimi due decenni numerose pubblicazioni hanno studiato sempre più approfonditamente le potenzialità di cui le reti di reazioni chimiche basate sul DNA (DNA-CRNs) dispongono per agire come elementi costitutivi di circuiti basati sul DNA e architetture di calcolo molecolare. Tuttavia, i progressi nella costruzione di dispositivi reali sono stati esasperatamente lenti. Il progetto AMIGA, finanziato dall’UE, prevede di introdurre un nuovo paradigma nei sistemi di informazione molecolare basati sull’integrazione di DNA-CRNs in microcapsule semipermeabili. Le cellule artificiali che ne deriveranno, autonome nel calcolo, avranno le potenzialità per immagazzinare memoria in modo permanente. Questi circuiti molecolari innovativi potrebbero trovare intriganti applicazioni in ambiti che vanno dalla biomedicina all’informatica digitale.

Obiettivo

We propose an ambitious 5-year multidisciplinary program that seeks to pioneer and establish a fundamentally new paradigm in molecular information systems that is based on novel conceptual and experimental advances on the integration of DNA-based chemical reaction networks (CRNs) and semipermeable microcapsules, i.e. protocells. In AutonoMous computInG Artificial cells (AMIGA), we will establish a platform technology, based on molecular communication between interacting protocells, capable of revolutionary new modes of molecular sensing, computation and data storage/retrieval.
Progress in this emerging field requires i) the development of computer-aided design (CAD) strategies to implement large-scale CRNs consisting of hundreds of components, ii) formulating suitable micro-substrates, such as droplets or vesicles, to spatially localize CRNs and ways to manipulate their interconnection and iii) strategies that allow direct recording of molecular operations onto a chemical storage medium such as DNA. We address these challenges via a comprehensive research program in which we implement large-scale, DNA-based CRNs by localization of components in interacting protocells resulting in distributed molecular circuits programmed to display advanced computational functions such as (i) asynchronous logic, (ii) integral feedback control and (iii) molecular pattern recognition. Combining protocell localization with recent advances in CRISPR base editors, we will construct an integrated system where molecular operations can write instructions on permanent memory storage elements. The developed methodology finds applications in emerging technologies aimed at using molecular circuits for in-vitro diagnostics and the use of synthetic DNA as a storage medium for digital data.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

ERC-COG - Consolidator Grant

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2020-COG

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Istituzione ospitante

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN
Contributo netto dell'UE
€ 1 999 497,00
Indirizzo
GROENE LOPER 3
5612 AE Eindhoven
Paesi Bassi
Regione
Zuid-Nederland Noord-Brabant Zuidoost-Noord-Brabant
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
€ 1 999 497,00

Beneficiari (1)