Marine Biodiversity as Sustainable Resource of Disease-Suppressive Microbes and Bioprotectants for Aquaculture and Crop Diseases

Informations projet

MARBLES

N° de convention de subvention: 101000392

DOI

10.3030/101000392

Date de signature de la CE 21 Avril 2021

Date de début 1 Mai 2021

Date de fin 30 Avril 2026

Financé au titre de

• SOCIETAL CHALLENGES - Food security, sustainable agriculture and forestry, marine, maritime and inland water research, and the bioeconomy

Coût total

€ 7 496 896,25

Contribution de l’UE

€ 7 496 896,25

Coordonné par

UNIVERSITEIT LEIDEN
Netherlands

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Livrables

Other (1)

Portfolio of Promotional Material

Publications

Peer reviewed articles (14)

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Auteurs: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

Novel types of RiPP-modifying enzymes

Auteurs: Richter, D., & Piel, J.
Publié dans: Current Opinion in Chemical Biology, Numéro 80, 102463, 2024, ISSN 1367-5931
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2024.102463

Marine microbial enzymes as potential antibiofilm agents: expanding the arsenal of bioactive agents targeting biofilm-forming microorganisms

Auteurs: Anna Luiza Bauer Canellas, Gabriel Rodrigues Dias, Isabelle Rodrigues Lopes, Jéssyca Freitas-Silva, Alan D. W. Dobson, Marinella Silva Laport, Bruno Francesco Rodrigues de Oliveira
Publié dans: Critical Reviews in Microbiology, 2025, Page(s) 1-18, ISSN 1040-841X
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/1040841x.2025.2510247

Stronger together: harnessing natural algal communities as potential probiotics for inhibition of aquaculture pathogens

Auteurs: Dóra Smahajcsik, Line Roager, Mikael Lenz Strube, Sheng-Da Zhang, Lone Gram
Publié dans: Microbiology Spectrum, 2025, ISSN 2165-0497
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00421-25

Comparative Metagenomic Analysis of Biosynthetic Diversity across Sponge Microbiomes Highlights Metabolic Novelty, Conservation, and Diversification

Auteurs: Loureiro, C., Galani, A., Gavriilidou, A., Chaib de Mares, M., van der Oost, J., Medema, M. H., & Sipkema, D.
Publié dans: MSystems, Numéro 00219193, 2022, ISSN 0021-9193
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00357-22

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

Auteurs: Paoli, L., Ruscheweyh, H. J., Forneris, C. C., Hubrich, F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D.R., Acinas, S.G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T.O., Gasol, J.M., Gossert, A.D., Kahles, A., Sullivan, M.B., Wincke
Publié dans: Nature, Numéro 607, 2022, Page(s) 111–118, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

From friends to foes: fungi could be emerging marine sponge pathogens under global change scenarios

Auteurs: Pérez-Llano Y, Yarzábal Rodríguez LA, Martínez-Romero E, Dobson ADW, Gunde-Cimerman N, Vasconcelos V and Batista-García RA.
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 14:1213340, 2023, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2023.1213340

Non-targeted metabolomics-based molecular networking enables the chemical characterization of Rumex sanguineus, a wild edible plant

Auteurs: Valentina Ramundi, Mitja M. Zdouc, Enrica Donati, Justin J. J. van der Hooft, Sara Cimini, Laura Righetti
Publié dans: Metabolomics, Numéro 21, 2025, ISSN 1573-3890
Éditeur: Springer Science+Business Media
DOI: 10.1007/s11306-024-02210-2

Metabolome-guided genome mining of RiPP natural products.

Auteurs: Zdouc, M. M., van der Hooft, J.J.J. and Medema, M.H.
Publié dans: Trends in Pharmacological Sciences, 2023, ISSN 0165-6147
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2023.06.004

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters.

Auteurs: Barbara R Terlouw 1 , Kai Blin 2 , Jorge C Navarro-Muñoz 1 3 , Nicole E Avalon 4 , Marc G Chevrette 5 , Susan Egbert 6 , Sanghoon Lee 7 , David Meijer 1 , Michael J J Recchia 7 , Zachary L Reitz 1 , Jeffrey A van Santen 7 8 , Nelly Selem-Mojica 9 , Thomas Tørring 10 , Liana Zaroubi 7 , Mohammad Alanjary 1 , Gajender Aleti 11 , César Aguilar 12 , Suhad A A A
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 51 (D1), 2022, Page(s) D603–D610, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Unpacking policy developments in marine natural product research: a scientist's guide to DSI and BBNJ

Auteurs: Federica Casolari, Amelia Westmoreland, Thomas Vanagt, Marcel Jaspars
Publié dans: Natural Product Reports, 2025, ISSN 0265-0568
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00070f

MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration

Auteurs: Mitja M Zdouc, Kai Blin, Nico L L Louwen, Jorge Navarro, Catarina Loureiro, Chantal D Bader, Constance B Bailey, Lena Barra, Thomas J Booth, Kenan A J Bozhüyük, José D D Cediel-Becerra, Zachary Charlop-Powers, Marc G Chevrette, Yit Heng Chooi, Paul M D’Agostino, Tristan de Rond, Elena Del Pup, Katherine R Duncan, Wenjia Gu, Novriyandi Hanif, Eric J N Helfrich, Matthew Jenner, Yoh
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, Page(s) D678-D690, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae1115

Olive mill solid waste induces beneficial mushroom-specialized metabolite diversity revealed by computational metabolomics strategies

Auteurs: Soliman Khatib, Idan Pereman, Elizabeth Kostanda, Mitja M. Zdouc, Nirit Ezov, Ron Schweitzer, Justin J. J. van der Hooft
Publié dans: Metabolomics, Numéro 21, 2025, ISSN 1573-3890
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s11306-025-02257-9

Improving the odds: Artificial intelligence and the great plate count anomaly

Auteurs: Detmer Sipkema
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 17, 2024, ISSN 1751-7915
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.70004

Non-peer reviewed articles (2)

FERMO: a Dashboard for Streamlined Rationalized Prioritization of Molecular Features from Mass Spectrometry Data.

Auteurs: Zdouc, M. M., Bayona Maldonado, L. M., Augustijn, H. E., Soldatou, S., de Jonge, N., Jaspars, M., van Wezel, G. P., Medema, M. H., & van der Hooft, J. J. J.
Publié dans: BioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur: xx
DOI: 10.1101/2022.12.21.521422

The Minimum Information about a Tailoring Enzyme/Maturase data standard for capturing natural product biosynthesis

Auteurs: Zdouc, M. M., Meijer, D., Biermann, F., Holme, J., Korenskaia, A., Lien, A., Louwen, N. L. L., Navarro-Muñoz, J. C., Nguyen, G., Rutz, A., Sveshnikova, A., Szenei, J., Terlouw, B., Ortega, R. T., Feuermann, M., Bridge, A. J., Van Der Hooft, J. J. J., Weber, T., Ziemert, N., . . . Medema, M. H.
Publié dans: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-78mtl

Other (1)

Disclosing and Sharing Genetic Resources: Recommendations based on the WIPO Treaty and BBNJ Agreement

Auteurs: Abbe E. l. Brown
Publié dans: 2024
Éditeur: n/a

Monographic books (1)

Decoding Marine Genetic Resource Governance Under the BBNJ Agreement

Auteurs: F. Humphries (Ed.)
Publié dans: Sustainable Development Goals Series, 2025
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72100-7