Marine Biodiversity as Sustainable Resource of Disease-Suppressive Microbes and Bioprotectants for Aquaculture and Crop Diseases

Projektinformationen

MARBLES

ID Finanzhilfevereinbarung: 101000392

DOI

10.3030/101000392

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 21 April 2021

Startdatum 1 Mai 2021

Enddatum 30 April 2026

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Food security, sustainable agriculture and forestry, marine, maritime and inland water research, and the bioeconomy

Gesamtkosten

€ 7 496 896,25

EU-Beitrag

€ 7 496 896,25

Koordiniert durch

UNIVERSITEIT LEIDEN
Netherlands

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Leistungen

Other (1)

Portfolio of Promotional Material

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (22)

Chemical richness and diversity of uncultivated ‘Entotheonella’ symbionts in marine sponges

Autoren: Maria Dell, Masato Kogawa, Alena B. Streiff, Taro Shiraishi, Alessandro Lotti, Christoph M. Meier, Michelle A. Schorn, Christopher Field, Jackson K. B. Cahn, Hiromi Yokoyama, Yuito Yamada, Eike Peters, Yoko Egami, Yu Nakashima, Karen Co Tan, Christian Rückert, Mohammad Alanjary, Jörn Kalinowski, Tomohisa Kuzuyama, Paco Cardenas, Shirley Pomponi, Detmer Sipkema, Amy Wright, Kentaro Takada, Ikuro
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 22, 2026, Seite(n) 217-228, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-025-02066-0

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Autoren: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

Novel types of RiPP-modifying enzymes

Autoren: Richter, D., & Piel, J.
Veröffentlicht in: Current Opinion in Chemical Biology, Ausgabe 80, 102463, 2024, ISSN 1367-5931
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2024.102463

An actionable guide to the United Nations' Biodiversity Beyond National Jurisdiction Agreement for research scientists

Autoren: Jeffrey Marlow, Arianna Broggiato, Janine Felson, Harriet Harden‐Davies, Rebecca Helm, Marcel Jaspars
Veröffentlicht in: Limnology and Oceanography, Ausgabe 71, 2026, Seite(n) (1), ISSN 0024-3590
Herausgeber: American Society of Limnonogy and Oceanography
DOI: 10.1002/lno.70274

New insights into the microbiome of the deep-sea sponge Inflatella pellicula and the secondary metabolic potential of metagenome-assembled genomes and the wider microbiome

Autoren: Stephen A. Jackson, Pavlo Hrab, Mitja M. Zdouc, David J. Clarke, Alan D.W. Dobson
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 12, 2026, Seite(n) (1), ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001602

Marine microbial enzymes as potential antibiofilm agents: expanding the arsenal of bioactive agents targeting biofilm-forming microorganisms

Autoren: Anna Luiza Bauer Canellas, Gabriel Rodrigues Dias, Isabelle Rodrigues Lopes, Jéssyca Freitas-Silva, Alan D. W. Dobson, Marinella Silva Laport, Bruno Francesco Rodrigues de Oliveira
Veröffentlicht in: Critical Reviews in Microbiology, 2025, Seite(n) 1-18, ISSN 1040-841X
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/1040841x.2025.2510247

Desferrioxamine Sharing among Microalgae-Associated Bacteria Enhances Iron-Limited Inhibition of <i>Vibrio anguillarum</i>

Autoren: Dóra Smahajcsik, Mille Rask Sander, Matilde Emídio Almeida, Patricia Arias-Orozco, Jette Melchiorsen, Daniel J. Otto, Lone Gram, Scott A. Jarmusch
Veröffentlicht in: Journal of Natural Products, Ausgabe 89, 2026, Seite(n) 955-965, ISSN 0163-3864
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jnatprod.5c01565

Stronger together: harnessing natural algal communities as potential probiotics for inhibition of aquaculture pathogens

Autoren: Dóra Smahajcsik, Line Roager, Mikael Lenz Strube, Sheng-Da Zhang, Lone Gram
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, 2025, ISSN 2165-0497
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00421-25

Probiotic potential of Isochrysis galbana microbiomes against the fish pathogen Vibrio anguillarum

Autoren: Matilde Emídio Almeida, Dóra Smahajcsik, Shengda Zhang, Lone Gram
Veröffentlicht in: Aquaculture, Ausgabe 612, 2025, Seite(n) 743196, ISSN 0044-8486
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aquaculture.2025.743196

Comparative Metagenomic Analysis of Biosynthetic Diversity across Sponge Microbiomes Highlights Metabolic Novelty, Conservation, and Diversification

Autoren: Loureiro, C., Galani, A., Gavriilidou, A., Chaib de Mares, M., van der Oost, J., Medema, M. H., & Sipkema, D.
Veröffentlicht in: MSystems, Ausgabe 00219193, 2022, ISSN 0021-9193
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00357-22

Correction: Unpacking policy developments in marine natural product research: a scientist's guide to DSI and BBNJ

Autoren: Federica Casolari, Amelia Westmoreland, Thomas Vanagt, Marcel Jaspars
Veröffentlicht in: Natural Product Reports, Ausgabe 42, 2025, Seite(n) 1909-1909, ISSN 0265-0568
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5np90039e

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

Autoren: Paoli, L., Ruscheweyh, H. J., Forneris, C. C., Hubrich, F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D.R., Acinas, S.G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T.O., Gasol, J.M., Gossert, A.D., Kahles, A., Sullivan, M.B., Wincke
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 607, 2022, Seite(n) 111–118, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

From friends to foes: fungi could be emerging marine sponge pathogens under global change scenarios

Autoren: Pérez-Llano Y, Yarzábal Rodríguez LA, Martínez-Romero E, Dobson ADW, Gunde-Cimerman N, Vasconcelos V and Batista-García RA.
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 14:1213340, 2023, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2023.1213340

Non-targeted metabolomics-based molecular networking enables the chemical characterization of Rumex sanguineus, a wild edible plant

Autoren: Valentina Ramundi, Mitja M. Zdouc, Enrica Donati, Justin J. J. van der Hooft, Sara Cimini, Laura Righetti
Veröffentlicht in: Metabolomics, Ausgabe 21, 2025, ISSN 1573-3890
Herausgeber: Springer Science+Business Media
DOI: 10.1007/s11306-024-02210-2

Host Evolutionary History Drives Prokaryotic Diversity in the Globally Distributed Sponge Family Petrosiidae

Autoren: N. van der Windt, B. Paix, J. C. Biesmeijer, R. Ambo‐Rappe, Y. M. Huang, K. G. S. Nirbadha, D. Sipkema, N. J. de Voogd
Veröffentlicht in: Molecular Ecology, 2025, ISSN 0962-1083
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.70186

Metabolome-guided genome mining of RiPP natural products.

Autoren: Zdouc, M. M., van der Hooft, J.J.J. and Medema, M.H.
Veröffentlicht in: Trends in Pharmacological Sciences, 2023, ISSN 0165-6147
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2023.06.004

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters.

Autoren: Barbara R Terlouw 1 , Kai Blin 2 , Jorge C Navarro-Muñoz 1 3 , Nicole E Avalon 4 , Marc G Chevrette 5 , Susan Egbert 6 , Sanghoon Lee 7 , David Meijer 1 , Michael J J Recchia 7 , Zachary L Reitz 1 , Jeffrey A van Santen 7 8 , Nelly Selem-Mojica 9 , Thomas Tørring 10 , Liana Zaroubi 7 , Mohammad Alanjary 1 , Gajender Aleti 11 , César Aguilar 12 , Suhad A A A
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 51 (D1), 2022, Seite(n) D603–D610, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Unpacking policy developments in marine natural product research: a scientist's guide to DSI and BBNJ

Autoren: Federica Casolari, Amelia Westmoreland, Thomas Vanagt, Marcel Jaspars
Veröffentlicht in: Natural Product Reports, 2025, ISSN 0265-0568
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00070f

MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration

Autoren: Mitja M Zdouc, Kai Blin, Nico L L Louwen, Jorge Navarro, Catarina Loureiro, Chantal D Bader, Constance B Bailey, Lena Barra, Thomas J Booth, Kenan A J Bozhüyük, José D D Cediel-Becerra, Zachary Charlop-Powers, Marc G Chevrette, Yit Heng Chooi, Paul M D’Agostino, Tristan de Rond, Elena Del Pup, Katherine R Duncan, Wenjia Gu, Novriyandi Hanif, Eric J N Helfrich, Matthew Jenner, Yoh
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, Seite(n) D678-D690, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae1115

Integrated Omics-Based Discovery of Bioactive Halogenated Metabolites from the Deep-Sea Streptomyces sp. B188M101

Autoren: Emmanuel Tope Oluwabusola, Stephen A. Jackson, Cristina Brunati, Stefanie Gackstatter, Hannah Vedder, Marianna Iorio, Gargee Chawande, Lekha Menon Margassery, Giang-Son Nguyen, David J. Clarke, Rainer Ebel, Marcel Jaspars, Alan D. W. Dobson
Veröffentlicht in: Marine Drugs, Ausgabe 23, 2025, Seite(n) 362, ISSN 1660-3397
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/md23090362

Olive mill solid waste induces beneficial mushroom-specialized metabolite diversity revealed by computational metabolomics strategies

Autoren: Soliman Khatib, Idan Pereman, Elizabeth Kostanda, Mitja M. Zdouc, Nirit Ezov, Ron Schweitzer, Justin J. J. van der Hooft
Veröffentlicht in: Metabolomics, Ausgabe 21, 2025, ISSN 1573-3890
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s11306-025-02257-9

Improving the odds: Artificial intelligence and the great plate count anomaly

Autoren: Detmer Sipkema
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 17, 2024, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.70004

Non-peer reviewed articles (2)

FERMO: a Dashboard for Streamlined Rationalized Prioritization of Molecular Features from Mass Spectrometry Data.

Autoren: Zdouc, M. M., Bayona Maldonado, L. M., Augustijn, H. E., Soldatou, S., de Jonge, N., Jaspars, M., van Wezel, G. P., Medema, M. H., & van der Hooft, J. J. J.
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: xx
DOI: 10.1101/2022.12.21.521422

The Minimum Information about a Tailoring Enzyme/Maturase data standard for capturing natural product biosynthesis

Autoren: Zdouc, M. M., Meijer, D., Biermann, F., Holme, J., Korenskaia, A., Lien, A., Louwen, N. L. L., Navarro-Muñoz, J. C., Nguyen, G., Rutz, A., Sveshnikova, A., Szenei, J., Terlouw, B., Ortega, R. T., Feuermann, M., Bridge, A. J., Van Der Hooft, J. J. J., Weber, T., Ziemert, N., . . . Medema, M. H.
Veröffentlicht in: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Herausgeber: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-78mtl

Other (1)

Disclosing and Sharing Genetic Resources: Recommendations based on the WIPO Treaty and BBNJ Agreement

Autoren: Abbe E. l. Brown
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: n/a

Monographic books (1)

Decoding Marine Genetic Resource Governance Under the BBNJ Agreement

Autoren: F. Humphries (Ed.)
Veröffentlicht in: Sustainable Development Goals Series, 2025
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72100-7