Projektbeschreibung
Biologische Anwendungen der Bevölkerungsentwicklung
Wie kam es zur derzeitigen biologischen Vielfalt? Wie entwickelt sich ein einzelnes befruchtetes Ei in einen funktionierenden Organismus? Welche Faktoren spielen bei der Verbreitung eines Erregers während einer Pandemie eine Rolle? Die Antworten auf diese Fragen liegen in den zugrundeliegenden Vorgängen der Bevölkerungsentwicklung begründet, also der Reproduktion und Veränderung von Individuen. Das EU-finanzierte Projekt PhyCogy formuliert und charakterisiert Modelle, die diese Reproduktion und Veränderung von Individuen beschreiben. Das Ergebnis soll ein phylodynamischer Modellierungsrahmen sein. Dieser wird dann auf Genomikdaten angewendet, um die genannten Fragen und weitere damit in Verbindung stehende zu beantworten. Dabei werden Bereiche wie Makroevolution, Epidemiologie und Entwicklung abgedeckt. Die Möglichkeit der Verallgemeinerung des entwickelten Rahmens ermöglicht die zukünftige Anwendung in weiteren biologischen Forschungsgebieten, wie der Mikrobiologie, Virologie, Ökologie, Immunologie oder Krebsforschung.
Ziel
How did the current biodiversity emerge? How does a single fertilised egg develop into a functioning organism? Which factors govern the spread of a pathogen during an epidemic? The answers to these questions depend on the underlying population dynamic processes, i.e. the replication and change of individuals. I will establish fundamental rules of population dynamic processes within the project PhyCogy.
I hypothesize that applying statistical tools to phylogenetic trees uncovers these fundamental rules. Such statistical phylodynamic inference is possible since trees display replication events together with the genotypes and phenotypes of individuals. However, the phylodynamic technique has only been widely applied in the disciplines of macroevolution and epidemiology.
In Part I of the PhyCogy project, I will lay generalizable mathematical, statistical, and computational foundations for phylodynamics. In particular, I will formulate, explore, and apply novel phylodynamic models that are appropriate for neutral as well as selective or developmental processes. I will then investigate whether the newly proposed phylodynamic models allow us to reconcile competing theories within macroevolution and real-time epidemiology.
In Part II, the proposed phylodynamic models are then used to investigate the development of multicellular organisms. I will quantify brain development based on human stem-cell derived organoids as well as zebrafish using single cell data obtained both via CRISPR-Cas9-based lineage tracing and transcriptome sequencing.
The project PhyCogy establishes a phylodynamic foundation, quantifying core population dynamic processes in macroevolution, epidemiology, and development. Importantly, the generalizability of the framework allows for future application across biological scales, leading to the rules of population dynamic processes in disciplines as diverse as microbiology, virology, ecology, immunology, or cancer.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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