From Foundations of Phylodynamics to New Applications in Cell Biology

Projektinformationen

PhyCogy

ID Finanzhilfevereinbarung: 101001077

DOI 10.3030/101001077

EK-Unterschriftsdatum 20 Januar 2021

Startdatum 1 Juni 2021

Enddatum 31 Mai 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 999 540,00

EU-Beitrag € 1 999 540,00

Koordiniert durch

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Schweiz

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan DMP

Veröffentlichungen

Fachlich begutachtete Artikel (3)

TiDeTree: a Bayesian phylogenetic framework to estimate single-cell trees and population dynamic parameters from genetic lineage tracing data

Autoren: Sophie Seidel; Tanja Stadler
Veröffentlicht in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 1986, 2022, ISSN 0962-8452
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2022.1844

Robust Phylodynamic Analysis of Genetic Sequencing Data from Structured Populations

Autoren: Jérémie Scire, Joëlle Barido-Sottani, Denise Kühnert, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler
Veröffentlicht in: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14081648

HIV co-infection is associated with reduced Mycobacterium tuberculosis transmissibility in sub-Saharan Africa

Autoren: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox,Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Veröffentlicht in: PLOS Pathogens, 2024, ISSN 1553-7374
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011675

Sonstiges (4)

Integrating Transmission Dynamics and Pathogen Evolution Through a Bayesian Approach

Autoren: Ugne Stolz, Tana Stadler, Timothy G. Vaughan
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.15.589468

The Fossilised Birth-Death Model is Identifiable

Autoren: Kate Truman, Timothy G. Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra Gavryushkina
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.08.579547

Bayesian phylodynamics of early vertebrate development in BEAST 2

Autoren: Antoine Zwaans, Sophie Seidel, Marc Manceau, Tanja Stadler
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.04.601658

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Autoren: Ciara Judge, Timothy G. Vaughan, Timothy Russel, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Sprint Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.12.18.572106

Dissertationen (1)

Phylogenetic Methods in Single-Cell Biology

Autoren: Sophie Seidel
Veröffentlicht in: NO JOURNAL TITLE, 2024
Herausgeber: ETH Zürich
DOI: 10.3929/ethz-b-000674908