Novel mechanisms of adaptive and innate bacteriophage immunity

Información del proyecto

DEFEND

Identificador del acuerdo de subvención: 101003229

DOI

10.3030/101003229

Fecha de la firma de la CE 4 Febrero 2021

Fecha de inicio 1 Junio 2021

Fecha de finalización 31 Mayo 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 000 000,00

Aportación de la UE

€ 2 000 000,00

Coordinado por

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (15)

Modulating CRISPR-Cas genome editing using guide-complementary DNA oligonucleotides

Autores: Thomas Swartjes; Peng Shang; Dennis van den Berg; Tim A. Künne; Niels Geijsen; Stan J.J. Brouns; John van der Oost; Raymond H.J. Staals; Richard A. Notebaart
Publicado en: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1599
Editor: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1101/2022.01.15.475214

Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM

Autores: Jack P. K. Bravo; Cristian Aparicio-Maldonado; Franklin L. Nobrega; Stan J. J. Brouns; David W. Taylor
Publicado en: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.12.26.474123

Phage tRNAs evade tRNA-targeting host defenses through anticodon loop mutations

Autores: Daan F. van den Berg; Baltus A. van der Steen; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns
Publicado en: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2166710/v1

Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease

Autores: Chunyi Hu; Sam P. B. van Beljouw; Ki Hyun Nam; Gabriel Schuler; Fran Ding; Yanru Cui; Alicia Rodríguez-Molina; Anna C. Haagsma; Menno Valk; Martin Pabst; Stan J. J. Brouns; Ailong Ke
Publicado en: Science, 2022, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.add5064

Single cell variability of CRISPR‐Cas interference and adaptation

Autores: Rebecca E McKenzie, Emma M Keizer, Jochem N A Vink, Jasper van Lopik, Ferhat Büke, Vera Kalkman, Christian Fleck, Sander J Tans, Stan J J Brouns
Publicado en: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110680

An OmpW-dependent T4-like phage infects Serratia sp. ATCC 39006

Autores: Marina Mahler; Lucia M. Malone; Daan F. van den Berg; Leah M. Smith; Stan J. J. Brouns; Peter C. Fineran
Publicado en: Microbial Genomics, 2023, ISSN 2057-5858
Editor: London Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/mgen.0.000968

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Autores: Balwina Koopal; Ana Potocnik; Sumanth K. Mutte; Cristian Aparicio-Maldonado; Simon Lindhoud; Jacques J.M. Vervoort; Stan J.J. Brouns; Daan C. Swarts
Publicado en: Cell, 2022, ISSN 1097-4172
Editor: Cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

Mechanisms and clinical importance of bacteriophage resistance.

Autores: Julia E Egido; Ana Rita Costa; Ana Rita Costa; Cristian Aparicio-Maldonado; Cristian Aparicio-Maldonado; Pieter-Jan A. Haas; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Publicado en: FEMS Microbiology Reviews, 2022, ISSN 1574-6976
Editor: Elsevier
DOI: 10.1093/femsre/fuab048

CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes

Autores: Benjamin A Adler; Marena I Trinidad; Daniel Bellieny-Rabelo; Elaine Zhang; Hannah M Karp; Petr Skopintsev; Brittney W Thornton; Rachel F Weissman; Peter H Yoon; LinXing Chen; Tomas Hessler; Amy R Eggers; David Colognori; Ron Boger; Erin E Doherty; Connor A Tsuchida; Ryan V Tran; Laura Hofman; Honglue Shi; Kevin M Wasko; Zehan Zhou; Chenglong Xia; Muntathar J Al-Shimary; Jaymin R Patel; Vienna C J
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad890

The gRAMP CRISPR-Cas effector is an RNA endonuclease complexed with a caspase-like peptidase.

Autores: Sam P. B. van Beljouw; Sam P. B. van Beljouw; Anna C. Haagsma; Anna C. Haagsma; Alicia Rodríguez-Molina; Alicia Rodríguez-Molina; Daan F. van den Berg; Daan F. van den Berg; Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Publicado en: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abk2718

Adaptation by Type V-A and V-B CRISPR-Cas Systems Demonstrates Conserved Protospacer Selection Mechanisms Between Diverse CRISPR-Cas Types

Autores: Wen Y. Wu; Simon A. Jackson; Cristóbal Almendros; Anna C. Haagsma; Suzan Yilmaz; Gerrit Gort; John van der Oost; Stan J.J. Brouns; Raymond H.J. Staals
Publicado en: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1602
Editor: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2021.0150

PAM-repeat associations and spacer selection preferences in single and co-occurring CRISPR-Cas systems.

Autores: Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Jan H. L. Baijens; Jan H. L. Baijens; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Publicado en: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Editor: London BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02495-9

Monitoring phage-induced lysis of Gram-negatives in real time using a fluorescent DNA dye

Autores: Julia E. Egido; Catherine Toner-Bartelds; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns; Suzan H. M. Rooijakkers; Bart W. Bardoel; Pieter-Jan Haas
Publicado en: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27734-w

High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers

Autores: Ruochen Ouyang; Ana Rita Costa; C. Keith Cassidy; Aleksandra Otwinowska; Vera C. J. Williams; Agnieszka Latka; Phill J. Stansfeld; Zuzanna Drulis-Kawa; Yves Briers; Daniël M. Pelt; Stan J. J. Brouns; Ariane Briegel
Publicado en: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34972-5

Accumulation of defense systems in phage-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa

Autores: Costa AR, van den Berg DF, Esser JQ, Muralidharan A, van den Bossche H, Bonilla BE, van der Steen BA, Haagsma AC, Fluit AC, Nobrega FL, Haas PJ, Brouns SJJ
Publicado en: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Editor: Washington, DC American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adj0341