Novel mechanisms of adaptive and innate bacteriophage immunity

Projektinformationen

DEFEND

ID Finanzhilfevereinbarung: 101003229

DOI

10.3030/101003229

EK-Unterschriftsdatum 4 Februar 2021

Startdatum 1 Juni 2021

Enddatum 31 Mai 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (24)

KlebPhaCol: a community-driven resource for <i>Klebsiella</i> research identified a novel phage family

Autoren: Daniela Rothschild-Rodriguez, Kai S Lambon, Simran Krishnakant Kushwaha, Sofya K Garushyants, Moritz Ertelt, Agnieszka Latka, Ana Rita Costa, Anna Mantzouratou, Claire King, Dimitri Boeckaerts, Elizab
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf1122

Modulating CRISPR-Cas genome editing using guide-complementary DNA oligonucleotides

Autoren: Thomas Swartjes; Peng Shang; Dennis van den Berg; Tim A. Künne; Niels Geijsen; Stan J.J. Brouns; John van der Oost; Raymond H.J. Staals; Richard A. Notebaart
Veröffentlicht in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1599
Herausgeber: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1101/2022.01.15.475214

Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM

Autoren: Jack P. K. Bravo; Cristian Aparicio-Maldonado; Franklin L. Nobrega; Stan J. J. Brouns; David W. Taylor
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.12.26.474123

Phage tRNAs evade tRNA-targeting host defenses through anticodon loop mutations

Autoren: Daan F. van den Berg; Baltus A. van der Steen; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2166710/v1

Bacteriophage genomes encode both broad and specific counter-defense repertoires to overcome bacterial defense systems

Autoren: Ana Rita Costa, Daan F. van den Berg, Jelger Q. Esser, Halewijn van den Bossche, Nadiia Pozhydaieva, Konstantinos Kalogeropoulos, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Cell Host &amp; Microbe, Ausgabe 33, 2025, Seite(n) 1161-1172.e5, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.010

Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease

Autoren: Chunyi Hu; Sam P. B. van Beljouw; Ki Hyun Nam; Gabriel Schuler; Fran Ding; Yanru Cui; Alicia Rodríguez-Molina; Anna C. Haagsma; Menno Valk; Martin Pabst; Stan J. J. Brouns; Ailong Ke
Veröffentlicht in: Science, 2022, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.add5064

Single cell variability of CRISPR‐Cas interference and adaptation

Autoren: Rebecca E McKenzie, Emma M Keizer, Jochem N A Vink, Jasper van Lopik, Ferhat Büke, Vera Kalkman, Christian Fleck, Sander J Tans, Stan J J Brouns
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110680

An OmpW-dependent T4-like phage infects Serratia sp. ATCC 39006

Autoren: Marina Mahler; Lucia M. Malone; Daan F. van den Berg; Leah M. Smith; Stan J. J. Brouns; Peter C. Fineran
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, 2023, ISSN 2057-5858
Herausgeber: London Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/mgen.0.000968

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Autoren: Balwina Koopal; Ana Potocnik; Sumanth K. Mutte; Cristian Aparicio-Maldonado; Simon Lindhoud; Jacques J.M. Vervoort; Stan J.J. Brouns; Daan C. Swarts
Veröffentlicht in: Cell, 2022, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

Bacterial homologs of innate eukaryotic antiviral defenses with anti-phage activity highlight shared evolutionary roots of viral defenses

Autoren: Daan F. van den Berg, Ana Rita Costa, Jelger Q. Esser, Ilinka Stanciu, Jasper Q. Geissler, Adja Damba Zoumaro-Djayoon, Pieter-Jan Haas, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Cell Host &amp; Microbe, Ausgabe 32, 2025, Seite(n) 1427-1443.e8, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2024.07.007

Mechanisms and clinical importance of bacteriophage resistance.

Autoren: Julia E Egido; Ana Rita Costa; Ana Rita Costa; Cristian Aparicio-Maldonado; Cristian Aparicio-Maldonado; Pieter-Jan A. Haas; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, 2022, ISSN 1574-6976
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1093/femsre/fuab048

Phage arabinosyl-hydroxy-cytosine DNA modifications result in distinct evasion and sensitivity responses to phage defense systems

Autoren: Marina Mahler, Liang Cui, Leah M. Smith, Katharina G. Wandera, Oliver Dietrich, David Mayo-Muñoz, Seetharamsing Balamkundu, Megan En Lee, Hong Ye, Chuan-Fa Liu, Junzhou Wu, Juby Mathew, Jeremy Dubrul
Veröffentlicht in: Cell Host &amp; Microbe, Ausgabe 33, 2025, Seite(n) 1173-1190.e9, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.005

Reduced prevalence of phage defense systems in <i>Pseudomonas aeruginosa</i> strains from cystic fibrosis patients

Autoren: Daan F. van den Berg, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03548-24

CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes

Autoren: Benjamin A Adler; Marena I Trinidad; Daniel Bellieny-Rabelo; Elaine Zhang; Hannah M Karp; Petr Skopintsev; Brittney W Thornton; Rachel F Weissman; Peter H Yoon; LinXing Chen; Tomas Hessler; Amy R Eggers; David Colognori; Ron Boger; Erin E Doherty; Connor A Tsuchida; Ryan V Tran; Laura Hofman; Honglue Shi; Kevin M Wasko; Zehan Zhou; Chenglong Xia; Muntathar J Al-Shimary; Jaymin R Patel; Vienna C J
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad890

Proteases in bacteriophage defense systems and their potential in bioengineering

Autoren: Konstantinos Kalogeropoulos, Sam P.B. van Beljouw, Dani Feldmann, Daan F. van den Berg, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, Ausgabe 51, 2026, Seite(n) 64-79, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2025.10.006

Craspase Orthologs Cleave a Nonconserved Site in Target Protein Csx30

Autoren: Sam P. B. van Beljouw, Anna C. Haagsma, Konstantinos Kalogeropoulos, Martin Pabst, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) 1051-1055, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.3c00788

The gRAMP CRISPR-Cas effector is an RNA endonuclease complexed with a caspase-like peptidase.

Autoren: Sam P. B. van Beljouw; Sam P. B. van Beljouw; Anna C. Haagsma; Anna C. Haagsma; Alicia Rodríguez-Molina; Alicia Rodríguez-Molina; Daan F. van den Berg; Daan F. van den Berg; Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abk2718

Adaptation by Type V-A and V-B CRISPR-Cas Systems Demonstrates Conserved Protospacer Selection Mechanisms Between Diverse CRISPR-Cas Types

Autoren: Wen Y. Wu; Simon A. Jackson; Cristóbal Almendros; Anna C. Haagsma; Suzan Yilmaz; Gerrit Gort; John van der Oost; Stan J.J. Brouns; Raymond H.J. Staals
Veröffentlicht in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1602
Herausgeber: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2021.0150

PAM-repeat associations and spacer selection preferences in single and co-occurring CRISPR-Cas systems.

Autoren: Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Jan H. L. Baijens; Jan H. L. Baijens; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Herausgeber: London BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02495-9

RNA-targeting CRISPR–Cas systems

Autoren: Sam P. B. van Beljouw, Jasper Sanders, Alicia Rodríguez-Molina, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 21, 2022, Seite(n) 21-34, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-022-00793-y

Monitoring phage-induced lysis of Gram-negatives in real time using a fluorescent DNA dye

Autoren: Julia E. Egido; Catherine Toner-Bartelds; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns; Suzan H. M. Rooijakkers; Bart W. Bardoel; Pieter-Jan Haas
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27734-w

Approaches for bacteriophage genome engineering

Autoren: Marina Mahler, Ana Rita Costa, Sam P.B. van Beljouw, Peter C. Fineran, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 41, 2025, Seite(n) 669-685, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.08.008

High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers

Autoren: Ruochen Ouyang; Ana Rita Costa; C. Keith Cassidy; Aleksandra Otwinowska; Vera C. J. Williams; Agnieszka Latka; Phill J. Stansfeld; Zuzanna Drulis-Kawa; Yves Briers; Daniël M. Pelt; Stan J. J. Brouns; Ariane Briegel
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34972-5

Accumulation of defense systems in phage-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa

Autoren: Costa AR, van den Berg DF, Esser JQ, Muralidharan A, van den Bossche H, Bonilla BE, van der Steen BA, Haagsma AC, Fluit AC, Nobrega FL, Haas PJ, Brouns SJJ
Veröffentlicht in: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: Washington, DC American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adj0341