Novel mechanisms of adaptive and innate bacteriophage immunity

Informacje na temat projektu

DEFEND

Identyfikator umowy o grant: 101003229

DOI

10.3030/101003229

Data podpisania przez KE 4 Lutego 2021

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2021

Data zakończenia 31 Maja 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 000 000,00

Wkład UE

€ 2 000 000,00

Koordynowany przez

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (24)

KlebPhaCol: a community-driven resource for <i>Klebsiella</i> research identified a novel phage family

Autorzy: Daniela Rothschild-Rodriguez, Kai S Lambon, Simran Krishnakant Kushwaha, Sofya K Garushyants, Moritz Ertelt, Agnieszka Latka, Ana Rita Costa, Anna Mantzouratou, Claire King, Dimitri Boeckaerts, Elizab
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf1122

Modulating CRISPR-Cas genome editing using guide-complementary DNA oligonucleotides

Autorzy: Thomas Swartjes; Peng Shang; Dennis van den Berg; Tim A. Künne; Niels Geijsen; Stan J.J. Brouns; John van der Oost; Raymond H.J. Staals; Richard A. Notebaart
Opublikowane w: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1599
Wydawca: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1101/2022.01.15.475214

Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM

Autorzy: Jack P. K. Bravo; Cristian Aparicio-Maldonado; Franklin L. Nobrega; Stan J. J. Brouns; David W. Taylor
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.12.26.474123

Phage tRNAs evade tRNA-targeting host defenses through anticodon loop mutations

Autorzy: Daan F. van den Berg; Baltus A. van der Steen; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2166710/v1

Bacteriophage genomes encode both broad and specific counter-defense repertoires to overcome bacterial defense systems

Autorzy: Ana Rita Costa, Daan F. van den Berg, Jelger Q. Esser, Halewijn van den Bossche, Nadiia Pozhydaieva, Konstantinos Kalogeropoulos, Stan J.J. Brouns
Opublikowane w: Cell Host &amp; Microbe, Numer 33, 2025, Strona(/y) 1161-1172.e5, ISSN 1931-3128
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.010

Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease

Autorzy: Chunyi Hu; Sam P. B. van Beljouw; Ki Hyun Nam; Gabriel Schuler; Fran Ding; Yanru Cui; Alicia Rodríguez-Molina; Anna C. Haagsma; Menno Valk; Martin Pabst; Stan J. J. Brouns; Ailong Ke
Opublikowane w: Science, 2022, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.add5064

Single cell variability of CRISPR‐Cas interference and adaptation

Autorzy: Rebecca E McKenzie, Emma M Keizer, Jochem N A Vink, Jasper van Lopik, Ferhat Büke, Vera Kalkman, Christian Fleck, Sander J Tans, Stan J J Brouns
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110680

An OmpW-dependent T4-like phage infects Serratia sp. ATCC 39006

Autorzy: Marina Mahler; Lucia M. Malone; Daan F. van den Berg; Leah M. Smith; Stan J. J. Brouns; Peter C. Fineran
Opublikowane w: Microbial Genomics, 2023, ISSN 2057-5858
Wydawca: London Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/mgen.0.000968

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Autorzy: Balwina Koopal; Ana Potocnik; Sumanth K. Mutte; Cristian Aparicio-Maldonado; Simon Lindhoud; Jacques J.M. Vervoort; Stan J.J. Brouns; Daan C. Swarts
Opublikowane w: Cell, 2022, ISSN 1097-4172
Wydawca: Cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

Bacterial homologs of innate eukaryotic antiviral defenses with anti-phage activity highlight shared evolutionary roots of viral defenses

Autorzy: Daan F. van den Berg, Ana Rita Costa, Jelger Q. Esser, Ilinka Stanciu, Jasper Q. Geissler, Adja Damba Zoumaro-Djayoon, Pieter-Jan Haas, Stan J.J. Brouns
Opublikowane w: Cell Host &amp; Microbe, Numer 32, 2025, Strona(/y) 1427-1443.e8, ISSN 1931-3128
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2024.07.007

Mechanisms and clinical importance of bacteriophage resistance.

Autorzy: Julia E Egido; Ana Rita Costa; Ana Rita Costa; Cristian Aparicio-Maldonado; Cristian Aparicio-Maldonado; Pieter-Jan A. Haas; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: FEMS Microbiology Reviews, 2022, ISSN 1574-6976
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1093/femsre/fuab048

Phage arabinosyl-hydroxy-cytosine DNA modifications result in distinct evasion and sensitivity responses to phage defense systems

Autorzy: Marina Mahler, Liang Cui, Leah M. Smith, Katharina G. Wandera, Oliver Dietrich, David Mayo-Muñoz, Seetharamsing Balamkundu, Megan En Lee, Hong Ye, Chuan-Fa Liu, Junzhou Wu, Juby Mathew, Jeremy Dubrul
Opublikowane w: Cell Host &amp; Microbe, Numer 33, 2025, Strona(/y) 1173-1190.e9, ISSN 1931-3128
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.005

Reduced prevalence of phage defense systems in <i>Pseudomonas aeruginosa</i> strains from cystic fibrosis patients

Autorzy: Daan F. van den Berg, Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: mBio, Numer 16, 2025, ISSN 2150-7511
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03548-24

CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes

Autorzy: Benjamin A Adler; Marena I Trinidad; Daniel Bellieny-Rabelo; Elaine Zhang; Hannah M Karp; Petr Skopintsev; Brittney W Thornton; Rachel F Weissman; Peter H Yoon; LinXing Chen; Tomas Hessler; Amy R Eggers; David Colognori; Ron Boger; Erin E Doherty; Connor A Tsuchida; Ryan V Tran; Laura Hofman; Honglue Shi; Kevin M Wasko; Zehan Zhou; Chenglong Xia; Muntathar J Al-Shimary; Jaymin R Patel; Vienna C J
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad890

Proteases in bacteriophage defense systems and their potential in bioengineering

Autorzy: Konstantinos Kalogeropoulos, Sam P.B. van Beljouw, Dani Feldmann, Daan F. van den Berg, Stan J.J. Brouns
Opublikowane w: Trends in Biochemical Sciences, Numer 51, 2026, Strona(/y) 64-79, ISSN 0968-0004
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2025.10.006

Craspase Orthologs Cleave a Nonconserved Site in Target Protein Csx30

Autorzy: Sam P. B. van Beljouw, Anna C. Haagsma, Konstantinos Kalogeropoulos, Martin Pabst, Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: ACS Chemical Biology, Numer 19, 2024, Strona(/y) 1051-1055, ISSN 1554-8929
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.3c00788

The gRAMP CRISPR-Cas effector is an RNA endonuclease complexed with a caspase-like peptidase.

Autorzy: Sam P. B. van Beljouw; Sam P. B. van Beljouw; Anna C. Haagsma; Anna C. Haagsma; Alicia Rodríguez-Molina; Alicia Rodríguez-Molina; Daan F. van den Berg; Daan F. van den Berg; Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abk2718

Adaptation by Type V-A and V-B CRISPR-Cas Systems Demonstrates Conserved Protospacer Selection Mechanisms Between Diverse CRISPR-Cas Types

Autorzy: Wen Y. Wu; Simon A. Jackson; Cristóbal Almendros; Anna C. Haagsma; Suzan Yilmaz; Gerrit Gort; John van der Oost; Stan J.J. Brouns; Raymond H.J. Staals
Opublikowane w: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1602
Wydawca: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2021.0150

PAM-repeat associations and spacer selection preferences in single and co-occurring CRISPR-Cas systems.

Autorzy: Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Jan H. L. Baijens; Jan H. L. Baijens; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Wydawca: London BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02495-9

RNA-targeting CRISPR–Cas systems

Autorzy: Sam P. B. van Beljouw, Jasper Sanders, Alicia Rodríguez-Molina, Stan J. J. Brouns
Opublikowane w: Nature Reviews Microbiology, Numer 21, 2022, Strona(/y) 21-34, ISSN 1740-1526
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-022-00793-y

Monitoring phage-induced lysis of Gram-negatives in real time using a fluorescent DNA dye

Autorzy: Julia E. Egido; Catherine Toner-Bartelds; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns; Suzan H. M. Rooijakkers; Bart W. Bardoel; Pieter-Jan Haas
Opublikowane w: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27734-w

Approaches for bacteriophage genome engineering

Autorzy: Marina Mahler, Ana Rita Costa, Sam P.B. van Beljouw, Peter C. Fineran, Stan J.J. Brouns
Opublikowane w: Trends in Biotechnology, Numer 41, 2025, Strona(/y) 669-685, ISSN 0167-7799
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.08.008

High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers

Autorzy: Ruochen Ouyang; Ana Rita Costa; C. Keith Cassidy; Aleksandra Otwinowska; Vera C. J. Williams; Agnieszka Latka; Phill J. Stansfeld; Zuzanna Drulis-Kawa; Yves Briers; Daniël M. Pelt; Stan J. J. Brouns; Ariane Briegel
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34972-5

Accumulation of defense systems in phage-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa

Autorzy: Costa AR, van den Berg DF, Esser JQ, Muralidharan A, van den Bossche H, Bonilla BE, van der Steen BA, Haagsma AC, Fluit AC, Nobrega FL, Haas PJ, Brouns SJJ
Opublikowane w: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Wydawca: Washington, DC American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adj0341