Novel mechanisms of adaptive and innate bacteriophage immunity

Informazioni relative al progetto

DEFEND

ID dell’accordo di sovvenzione: 101003229

DOI

10.3030/101003229

Data della firma CE 4 Febbraio 2021

Data di avvio 1 Giugno 2021

Data di completamento 31 Maggio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 000 000,00

Contributo UE

€ 2 000 000,00

Coordinato da

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (24)

KlebPhaCol: a community-driven resource for <i>Klebsiella</i> research identified a novel phage family

Autori: Daniela Rothschild-Rodriguez, Kai S Lambon, Simran Krishnakant Kushwaha, Sofya K Garushyants, Moritz Ertelt, Agnieszka Latka, Ana Rita Costa, Anna Mantzouratou, Claire King, Dimitri Boeckaerts, Elizab
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf1122

Modulating CRISPR-Cas genome editing using guide-complementary DNA oligonucleotides

Autori: Thomas Swartjes; Peng Shang; Dennis van den Berg; Tim A. Künne; Niels Geijsen; Stan J.J. Brouns; John van der Oost; Raymond H.J. Staals; Richard A. Notebaart
Pubblicato in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1599
Editore: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1101/2022.01.15.475214

Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM

Autori: Jack P. K. Bravo; Cristian Aparicio-Maldonado; Franklin L. Nobrega; Stan J. J. Brouns; David W. Taylor
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.12.26.474123

Phage tRNAs evade tRNA-targeting host defenses through anticodon loop mutations

Autori: Daan F. van den Berg; Baltus A. van der Steen; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2166710/v1

Bacteriophage genomes encode both broad and specific counter-defense repertoires to overcome bacterial defense systems

Autori: Ana Rita Costa, Daan F. van den Berg, Jelger Q. Esser, Halewijn van den Bossche, Nadiia Pozhydaieva, Konstantinos Kalogeropoulos, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Cell Host &amp; Microbe, Numero 33, 2025, Pagina/e 1161-1172.e5, ISSN 1931-3128
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.010

Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease

Autori: Chunyi Hu; Sam P. B. van Beljouw; Ki Hyun Nam; Gabriel Schuler; Fran Ding; Yanru Cui; Alicia Rodríguez-Molina; Anna C. Haagsma; Menno Valk; Martin Pabst; Stan J. J. Brouns; Ailong Ke
Pubblicato in: Science, 2022, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.add5064

Single cell variability of CRISPR‐Cas interference and adaptation

Autori: Rebecca E McKenzie, Emma M Keizer, Jochem N A Vink, Jasper van Lopik, Ferhat Büke, Vera Kalkman, Christian Fleck, Sander J Tans, Stan J J Brouns
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110680

An OmpW-dependent T4-like phage infects Serratia sp. ATCC 39006

Autori: Marina Mahler; Lucia M. Malone; Daan F. van den Berg; Leah M. Smith; Stan J. J. Brouns; Peter C. Fineran
Pubblicato in: Microbial Genomics, 2023, ISSN 2057-5858
Editore: London Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/mgen.0.000968

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Autori: Balwina Koopal; Ana Potocnik; Sumanth K. Mutte; Cristian Aparicio-Maldonado; Simon Lindhoud; Jacques J.M. Vervoort; Stan J.J. Brouns; Daan C. Swarts
Pubblicato in: Cell, 2022, ISSN 1097-4172
Editore: Cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

Bacterial homologs of innate eukaryotic antiviral defenses with anti-phage activity highlight shared evolutionary roots of viral defenses

Autori: Daan F. van den Berg, Ana Rita Costa, Jelger Q. Esser, Ilinka Stanciu, Jasper Q. Geissler, Adja Damba Zoumaro-Djayoon, Pieter-Jan Haas, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Cell Host &amp; Microbe, Numero 32, 2025, Pagina/e 1427-1443.e8, ISSN 1931-3128
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2024.07.007

Mechanisms and clinical importance of bacteriophage resistance.

Autori: Julia E Egido; Ana Rita Costa; Ana Rita Costa; Cristian Aparicio-Maldonado; Cristian Aparicio-Maldonado; Pieter-Jan A. Haas; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: FEMS Microbiology Reviews, 2022, ISSN 1574-6976
Editore: Elsevier
DOI: 10.1093/femsre/fuab048

Phage arabinosyl-hydroxy-cytosine DNA modifications result in distinct evasion and sensitivity responses to phage defense systems

Autori: Marina Mahler, Liang Cui, Leah M. Smith, Katharina G. Wandera, Oliver Dietrich, David Mayo-Muñoz, Seetharamsing Balamkundu, Megan En Lee, Hong Ye, Chuan-Fa Liu, Junzhou Wu, Juby Mathew, Jeremy Dubrul
Pubblicato in: Cell Host &amp; Microbe, Numero 33, 2025, Pagina/e 1173-1190.e9, ISSN 1931-3128
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2025.06.005

Reduced prevalence of phage defense systems in <i>Pseudomonas aeruginosa</i> strains from cystic fibrosis patients

Autori: Daan F. van den Berg, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: mBio, Numero 16, 2025, ISSN 2150-7511
Editore: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03548-24

CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes

Autori: Benjamin A Adler; Marena I Trinidad; Daniel Bellieny-Rabelo; Elaine Zhang; Hannah M Karp; Petr Skopintsev; Brittney W Thornton; Rachel F Weissman; Peter H Yoon; LinXing Chen; Tomas Hessler; Amy R Eggers; David Colognori; Ron Boger; Erin E Doherty; Connor A Tsuchida; Ryan V Tran; Laura Hofman; Honglue Shi; Kevin M Wasko; Zehan Zhou; Chenglong Xia; Muntathar J Al-Shimary; Jaymin R Patel; Vienna C J
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad890

Proteases in bacteriophage defense systems and their potential in bioengineering

Autori: Konstantinos Kalogeropoulos, Sam P.B. van Beljouw, Dani Feldmann, Daan F. van den Berg, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Trends in Biochemical Sciences, Numero 51, 2026, Pagina/e 64-79, ISSN 0968-0004
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2025.10.006

Craspase Orthologs Cleave a Nonconserved Site in Target Protein Csx30

Autori: Sam P. B. van Beljouw, Anna C. Haagsma, Konstantinos Kalogeropoulos, Martin Pabst, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: ACS Chemical Biology, Numero 19, 2024, Pagina/e 1051-1055, ISSN 1554-8929
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.3c00788

The gRAMP CRISPR-Cas effector is an RNA endonuclease complexed with a caspase-like peptidase.

Autori: Sam P. B. van Beljouw; Sam P. B. van Beljouw; Anna C. Haagsma; Anna C. Haagsma; Alicia Rodríguez-Molina; Alicia Rodríguez-Molina; Daan F. van den Berg; Daan F. van den Berg; Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abk2718

Adaptation by Type V-A and V-B CRISPR-Cas Systems Demonstrates Conserved Protospacer Selection Mechanisms Between Diverse CRISPR-Cas Types

Autori: Wen Y. Wu; Simon A. Jackson; Cristóbal Almendros; Anna C. Haagsma; Suzan Yilmaz; Gerrit Gort; John van der Oost; Stan J.J. Brouns; Raymond H.J. Staals
Pubblicato in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1602
Editore: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2021.0150

PAM-repeat associations and spacer selection preferences in single and co-occurring CRISPR-Cas systems.

Autori: Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Jan H. L. Baijens; Jan H. L. Baijens; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Editore: London BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02495-9

RNA-targeting CRISPR–Cas systems

Autori: Sam P. B. van Beljouw, Jasper Sanders, Alicia Rodríguez-Molina, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Nature Reviews Microbiology, Numero 21, 2022, Pagina/e 21-34, ISSN 1740-1526
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-022-00793-y

Monitoring phage-induced lysis of Gram-negatives in real time using a fluorescent DNA dye

Autori: Julia E. Egido; Catherine Toner-Bartelds; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns; Suzan H. M. Rooijakkers; Bart W. Bardoel; Pieter-Jan Haas
Pubblicato in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27734-w

Approaches for bacteriophage genome engineering

Autori: Marina Mahler, Ana Rita Costa, Sam P.B. van Beljouw, Peter C. Fineran, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Trends in Biotechnology, Numero 41, 2025, Pagina/e 669-685, ISSN 0167-7799
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.08.008

High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers

Autori: Ruochen Ouyang; Ana Rita Costa; C. Keith Cassidy; Aleksandra Otwinowska; Vera C. J. Williams; Agnieszka Latka; Phill J. Stansfeld; Zuzanna Drulis-Kawa; Yves Briers; Daniël M. Pelt; Stan J. J. Brouns; Ariane Briegel
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34972-5

Accumulation of defense systems in phage-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa

Autori: Costa AR, van den Berg DF, Esser JQ, Muralidharan A, van den Bossche H, Bonilla BE, van der Steen BA, Haagsma AC, Fluit AC, Nobrega FL, Haas PJ, Brouns SJJ
Pubblicato in: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Editore: Washington, DC American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adj0341