Novel mechanisms of adaptive and innate bacteriophage immunity

Informazioni relative al progetto

DEFEND

ID dell’accordo di sovvenzione: 101003229

DOI

10.3030/101003229

Data della firma CE 4 Febbraio 2021

Data di avvio 1 Giugno 2021

Data di completamento 31 Maggio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 000 000,00

Contributo UE

€ 2 000 000,00

Coordinato da

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (15)

Modulating CRISPR-Cas genome editing using guide-complementary DNA oligonucleotides

Autori: Thomas Swartjes; Peng Shang; Dennis van den Berg; Tim A. Künne; Niels Geijsen; Stan J.J. Brouns; John van der Oost; Raymond H.J. Staals; Richard A. Notebaart
Pubblicato in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1599
Editore: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1101/2022.01.15.475214

Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM

Autori: Jack P. K. Bravo; Cristian Aparicio-Maldonado; Franklin L. Nobrega; Stan J. J. Brouns; David W. Taylor
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.12.26.474123

Phage tRNAs evade tRNA-targeting host defenses through anticodon loop mutations

Autori: Daan F. van den Berg; Baltus A. van der Steen; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2166710/v1

Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease

Autori: Chunyi Hu; Sam P. B. van Beljouw; Ki Hyun Nam; Gabriel Schuler; Fran Ding; Yanru Cui; Alicia Rodríguez-Molina; Anna C. Haagsma; Menno Valk; Martin Pabst; Stan J. J. Brouns; Ailong Ke
Pubblicato in: Science, 2022, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.add5064

Single cell variability of CRISPR‐Cas interference and adaptation

Autori: Rebecca E McKenzie, Emma M Keizer, Jochem N A Vink, Jasper van Lopik, Ferhat Büke, Vera Kalkman, Christian Fleck, Sander J Tans, Stan J J Brouns
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110680

An OmpW-dependent T4-like phage infects Serratia sp. ATCC 39006

Autori: Marina Mahler; Lucia M. Malone; Daan F. van den Berg; Leah M. Smith; Stan J. J. Brouns; Peter C. Fineran
Pubblicato in: Microbial Genomics, 2023, ISSN 2057-5858
Editore: London Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/mgen.0.000968

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Autori: Balwina Koopal; Ana Potocnik; Sumanth K. Mutte; Cristian Aparicio-Maldonado; Simon Lindhoud; Jacques J.M. Vervoort; Stan J.J. Brouns; Daan C. Swarts
Pubblicato in: Cell, 2022, ISSN 1097-4172
Editore: Cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

Mechanisms and clinical importance of bacteriophage resistance.

Autori: Julia E Egido; Ana Rita Costa; Ana Rita Costa; Cristian Aparicio-Maldonado; Cristian Aparicio-Maldonado; Pieter-Jan A. Haas; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: FEMS Microbiology Reviews, 2022, ISSN 1574-6976
Editore: Elsevier
DOI: 10.1093/femsre/fuab048

CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes

Autori: Benjamin A Adler; Marena I Trinidad; Daniel Bellieny-Rabelo; Elaine Zhang; Hannah M Karp; Petr Skopintsev; Brittney W Thornton; Rachel F Weissman; Peter H Yoon; LinXing Chen; Tomas Hessler; Amy R Eggers; David Colognori; Ron Boger; Erin E Doherty; Connor A Tsuchida; Ryan V Tran; Laura Hofman; Honglue Shi; Kevin M Wasko; Zehan Zhou; Chenglong Xia; Muntathar J Al-Shimary; Jaymin R Patel; Vienna C J
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad890

The gRAMP CRISPR-Cas effector is an RNA endonuclease complexed with a caspase-like peptidase.

Autori: Sam P. B. van Beljouw; Sam P. B. van Beljouw; Anna C. Haagsma; Anna C. Haagsma; Alicia Rodríguez-Molina; Alicia Rodríguez-Molina; Daan F. van den Berg; Daan F. van den Berg; Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abk2718

Adaptation by Type V-A and V-B CRISPR-Cas Systems Demonstrates Conserved Protospacer Selection Mechanisms Between Diverse CRISPR-Cas Types

Autori: Wen Y. Wu; Simon A. Jackson; Cristóbal Almendros; Anna C. Haagsma; Suzan Yilmaz; Gerrit Gort; John van der Oost; Stan J.J. Brouns; Raymond H.J. Staals
Pubblicato in: The CRISPR Journal, 2022, ISSN 2573-1602
Editore: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2021.0150

PAM-repeat associations and spacer selection preferences in single and co-occurring CRISPR-Cas systems.

Autori: Jochem N.A. Vink; Jochem N.A. Vink; Jan H. L. Baijens; Jan H. L. Baijens; Stan J. J. Brouns; Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Editore: London BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02495-9

Monitoring phage-induced lysis of Gram-negatives in real time using a fluorescent DNA dye

Autori: Julia E. Egido; Catherine Toner-Bartelds; Ana Rita Costa; Stan J. J. Brouns; Suzan H. M. Rooijakkers; Bart W. Bardoel; Pieter-Jan Haas
Pubblicato in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27734-w

High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers

Autori: Ruochen Ouyang; Ana Rita Costa; C. Keith Cassidy; Aleksandra Otwinowska; Vera C. J. Williams; Agnieszka Latka; Phill J. Stansfeld; Zuzanna Drulis-Kawa; Yves Briers; Daniël M. Pelt; Stan J. J. Brouns; Ariane Briegel
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34972-5

Accumulation of defense systems in phage-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa

Autori: Costa AR, van den Berg DF, Esser JQ, Muralidharan A, van den Bossche H, Bonilla BE, van der Steen BA, Haagsma AC, Fluit AC, Nobrega FL, Haas PJ, Brouns SJJ
Pubblicato in: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Editore: Washington, DC American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adj0341