Tissue-wide identification of genome alterations in cancer

Información del proyecto

TWIGA

Identificador del acuerdo de subvención: 101021019

DOI

10.3030/101021019

Fecha de la firma de la CE 12 Julio 2021

Fecha de inicio 1 Octubre 2021

Fecha de finalización 30 Septiembre 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 631 250,00

Aportación de la UE

€ 2 631 250,00

Coordinado por

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN
Sweden

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Publicaciones

Peer reviewed articles (4)

Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue.

Autores: Erickson A, He M, Berglund E, Marklund M, Mirzazadeh R, Schultz N, Kvastad L, Andersson A, Bergenstråhle L, Bergenstråhle J, Larsson L, Alonso Galicia L, Shamikh A, Basmaci E, Díaz De Ståhl T, Rajakumar T, Doultsinos D, Thrane K, Ji AL, Khavari PA, Tarish F, Tanoglidi A, Maaskola J, Colling R, Mirtti T, Hamdy FC, Woodcock DJ, Helleday T, Mills IG, Lamb AD, Lundeberg J.
Publicado en: Nature, Edición Aug 608 (7922), 2022, Página(s) 360-367, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05023-2

Spatial landmark detection and tissue registration with deep learning

Autores: Markus Ekvall, Ludvig Bergenstråhle, Alma Andersson, Paulo Czarnewski, Johannes Olegård, Lukas Käll, Joakim Lundeberg
Publicado en: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02199-5

Expansion spatial transcriptomics

Autores: Yuhang Fan, Žaneta Andrusivová, Yunming Wu, Chew Chai, Ludvig Larsson, Mengxiao He, Liqun Luo, Joakim Lundeberg, Bo Wang
Publicado en: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01911-1

Spatial landscapes of cancers: insights and opportunities

Autores: Julia Chen, Ludvig Larsson, Alexander Swarbrick, Joakim Lundeberg
Publicado en: Nature Reviews Clinical Oncology, Edición 21, 2024, Página(s) 660-674, ISSN 1759-4774
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41571-024-00926-7

Other (1)

SnapShot: Spatial transcriptomics

Autores: Ludvig Larsson 1, Ludvig Bergenstråhle 1, Mengxiao He 1, Zaneta Andrusivova 1, Joakim Lundeberg 1
Publicado en: Cell, Edición 185, 15, 2022, Página(s) 2840-2840
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.002

Non-peer reviewed articles (1)

Learning Stationary Markov Processes with Contrastive Adjustment

Autores: Bergenstråhle, Ludvig; Lagergren, Jens; Lundeberg, Joakim
Publicado en: arXiv, Edición 2, 2023, ISSN 2331-8422
Editor: ArXiv.org
DOI: 10.48550/arxiv.2303.05497