Tissue-wide identification of genome alterations in cancer

Informations projet

TWIGA

N° de convention de subvention: 101021019

DOI

10.3030/101021019

Date de signature de la CE 12 Juillet 2021

Date de début 1 Octobre 2021

Date de fin 30 Septembre 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 631 250,00

Contribution de l’UE

€ 2 631 250,00

Coordonné par

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN
Sweden

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Publications

Peer reviewed articles (4)

Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue.

Auteurs: Erickson A, He M, Berglund E, Marklund M, Mirzazadeh R, Schultz N, Kvastad L, Andersson A, Bergenstråhle L, Bergenstråhle J, Larsson L, Alonso Galicia L, Shamikh A, Basmaci E, Díaz De Ståhl T, Rajakumar T, Doultsinos D, Thrane K, Ji AL, Khavari PA, Tarish F, Tanoglidi A, Maaskola J, Colling R, Mirtti T, Hamdy FC, Woodcock DJ, Helleday T, Mills IG, Lamb AD, Lundeberg J.
Publié dans: Nature, Numéro Aug 608 (7922), 2022, Page(s) 360-367, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05023-2

Spatial landmark detection and tissue registration with deep learning

Auteurs: Markus Ekvall, Ludvig Bergenstråhle, Alma Andersson, Paulo Czarnewski, Johannes Olegård, Lukas Käll, Joakim Lundeberg
Publié dans: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02199-5

Expansion spatial transcriptomics

Auteurs: Yuhang Fan, Žaneta Andrusivová, Yunming Wu, Chew Chai, Ludvig Larsson, Mengxiao He, Liqun Luo, Joakim Lundeberg, Bo Wang
Publié dans: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01911-1

Spatial landscapes of cancers: insights and opportunities

Auteurs: Julia Chen, Ludvig Larsson, Alexander Swarbrick, Joakim Lundeberg
Publié dans: Nature Reviews Clinical Oncology, Numéro 21, 2024, Page(s) 660-674, ISSN 1759-4774
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41571-024-00926-7

Other (1)

SnapShot: Spatial transcriptomics

Auteurs: Ludvig Larsson 1, Ludvig Bergenstråhle 1, Mengxiao He 1, Zaneta Andrusivova 1, Joakim Lundeberg 1
Publié dans: Cell, Numéro 185, 15, 2022, Page(s) 2840-2840
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.002

Non-peer reviewed articles (1)

Learning Stationary Markov Processes with Contrastive Adjustment

Auteurs: Bergenstråhle, Ludvig; Lagergren, Jens; Lundeberg, Joakim
Publié dans: arXiv, Numéro 2, 2023, ISSN 2331-8422
Éditeur: ArXiv.org
DOI: 10.48550/arxiv.2303.05497