Projektbeschreibung
Mit neuartigen Bioinformatik- und Systembiologie-Werkzeugen Bakterien funktionell beschreiben
Bakterien stellen die größte Organismengruppe auf unserem Planeten dar. Bisher hat ihre Erforschung jedoch nicht genug Interesse gefunden, was die Datenverarbeitung in der Bioinformatik und der Systembiologie behindert, da viele moderne Werkzeuge in erster Linie für eukaryotische Modellorganismen entwickelt wurden und nicht problemlos auf Nichtmodellbakterien anpassbar sind. Das im Rahmen der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen finanzierte Projekt HOPE-4-BEST verfolgt das Ziel, neue Bioinformatik- und Systembiologie-Werkzeuge für allumfassende Bakterienanalysen sowie Anwendungen für die industrielle Herstellung von Bakterienstämmen zu entwickeln. Das Ziel lautet, eine aussagekräftige funktionelle Annotation für Nichtmodellorganismen zu erstellen. Dazu wird eine neuartige Pipeline für die transkriptomweite Analyse von Proben unter verschiedenen Bedingungen entwickelt und mit Annotationen kombiniert, die durch umfangreiche Datenbanksuchen erstellt wurden.
Ziel
The project “The Annotation and Functional Description of Non-Model Bacterial Organisms for Bio-based Engineering and Industry (HOPE-4-BEST)” aims to bring new bioinformatics and systems biology tools for a comprehensive description of little studied microorganisms and inference of biological knowledge further utilizable in synthetic biology for engineering of industrially utilizable bacterial strains. Bacteria form the largest group of organisms in the world. Since the DNA and RNA sequencing became widely available, they begun to be often studied on molecular level for their exceptional biological properties, e.g. ability to produce fuels or plastics from waste. Unfortunately, previous lack of interest in their research is the source of many obstacles in bioinformatics and systems biology data processing as current tools, designed primarily for eukaryotic model organisms, cannot be easily used for processing data gathered from non-model bacterial organisms. Inference of biological knowledge presumes identification of regulated genes and annotation of their molecular function so involved biological processes could be captured. The project addresses two important questions, how to assemble a comprehensive functional annotation for non-model organisms and how it affects inferred biological knowledge. This will be achieved by designing novel pipeline utilizing transcriptome wide analysis based on comparison of samples under various conditions while considering data bias, e.g. multimapping reads or overlapping genes, and its combination with annotation build by extensive database searching. Eventually, the successful solution of the project will not only substantially contribute to our understanding how various parameters of bioinformatics data processing and annotation affect resulting biological knowledge, but will provide ready-to-use solution for wide scientific community.
Wissenschaftliches Gebiet
Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigenFinanzierungsplan
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordinator
80539 MUNCHEN
Deutschland