Descrizione del progetto
Nuovi strumenti di bioinformatica e biologia dei sistemi per una descrizione funzionale dei batteri
I batteri rappresentano l’insieme più vasto di organismi presente sul pianeta. Ciononostante, sino ad ora la ricerca che li ha presi in esame non ha suscitato molto interesse, creando ostacoli nell’elaborazione dei dati relativi a bioinformatica e biologia dei sistemi in quanto numerosi strumenti moderni vengono concepiti principalmente per organismi eucarioti modello e non possono essere facilmente adattati a batteri non modello. Finanziato dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto HOPE-4-BEST intende progettare nuovi strumenti di bioinformatica e biologia dei sistemi per un’analisi completa di tali organismi e per applicazioni destinate all’ingegneria industriale dei ceppi batterici. L’obiettivo è quello di assemblare un’annotazione funzionale completa per gli organismi non modello attraverso la concezione di un nuovo canale per l’analisi a livello di trascrittoma dei campioni in varie condizioni e la sua successiva combinazione con annotazioni create mediante una vasta ricerca nei database.
Obiettivo
The project “The Annotation and Functional Description of Non-Model Bacterial Organisms for Bio-based Engineering and Industry (HOPE-4-BEST)” aims to bring new bioinformatics and systems biology tools for a comprehensive description of little studied microorganisms and inference of biological knowledge further utilizable in synthetic biology for engineering of industrially utilizable bacterial strains. Bacteria form the largest group of organisms in the world. Since the DNA and RNA sequencing became widely available, they begun to be often studied on molecular level for their exceptional biological properties, e.g. ability to produce fuels or plastics from waste. Unfortunately, previous lack of interest in their research is the source of many obstacles in bioinformatics and systems biology data processing as current tools, designed primarily for eukaryotic model organisms, cannot be easily used for processing data gathered from non-model bacterial organisms. Inference of biological knowledge presumes identification of regulated genes and annotation of their molecular function so involved biological processes could be captured. The project addresses two important questions, how to assemble a comprehensive functional annotation for non-model organisms and how it affects inferred biological knowledge. This will be achieved by designing novel pipeline utilizing transcriptome wide analysis based on comparison of samples under various conditions while considering data bias, e.g. multimapping reads or overlapping genes, and its combination with annotation build by extensive database searching. Eventually, the successful solution of the project will not only substantially contribute to our understanding how various parameters of bioinformatics data processing and annotation affect resulting biological knowledge, but will provide ready-to-use solution for wide scientific community.
Campo scientifico
Not validated
Not validated
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinatore
80539 MUNCHEN
Germania