Opis projektu
Nowe narzędzia z zakresu bioinformatyki i biologii systemów do opisu funkcjonalnego bakterii
Bakterie stanowią największą grupę organizmów na naszej planecie. Jednak do tej pory dotyczące ich badania nie wzbudzały większego zainteresowania, co tworzyło przeszkody w przetwarzaniu danych z zakresu bioinformatyki i biologii systemów, ponieważ wiele nowoczesnych narzędzi zaprojektowano głównie pod kątem eukariotycznych organizmów modelowych i nie można ich łatwo przystosować do pracy z bakteriami niemodelowymi. Celem finansowanego w ramach działań „Maria Skłodowska-Curie” projektu HOPE-4-BEST jest opracowanie nowych narzędzi z zakresu bioinformatyki i biologii systemów do wszechstronnej analizy bakterii oraz zastosowań w przemysłowym wytwarzaniu szczepów bakteryjnych. Jego zadaniem jest stworzenie kompleksowej funkcjonalnej anotacji dla organizmów niemodelowych poprzez zaprojektowanie nowej linii na potrzeby obejmującej cały transkryptom analizy próbek w różnych warunkach, łącząc ją z anotacjami będącymi wynikiem przeszukiwania obszernych baz danych.
Cel
The project “The Annotation and Functional Description of Non-Model Bacterial Organisms for Bio-based Engineering and Industry (HOPE-4-BEST)” aims to bring new bioinformatics and systems biology tools for a comprehensive description of little studied microorganisms and inference of biological knowledge further utilizable in synthetic biology for engineering of industrially utilizable bacterial strains. Bacteria form the largest group of organisms in the world. Since the DNA and RNA sequencing became widely available, they begun to be often studied on molecular level for their exceptional biological properties, e.g. ability to produce fuels or plastics from waste. Unfortunately, previous lack of interest in their research is the source of many obstacles in bioinformatics and systems biology data processing as current tools, designed primarily for eukaryotic model organisms, cannot be easily used for processing data gathered from non-model bacterial organisms. Inference of biological knowledge presumes identification of regulated genes and annotation of their molecular function so involved biological processes could be captured. The project addresses two important questions, how to assemble a comprehensive functional annotation for non-model organisms and how it affects inferred biological knowledge. This will be achieved by designing novel pipeline utilizing transcriptome wide analysis based on comparison of samples under various conditions while considering data bias, e.g. multimapping reads or overlapping genes, and its combination with annotation build by extensive database searching. Eventually, the successful solution of the project will not only substantially contribute to our understanding how various parameters of bioinformatics data processing and annotation affect resulting biological knowledge, but will provide ready-to-use solution for wide scientific community.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
80539 MUNCHEN
Niemcy