Descripción del proyecto
Un marco informático para la modelización comparativa de organoides
El equipo del proyecto OrganoidAlign, financiado con fondos europeos, se propone desarrollar un marco informático de modelización comparativa de organoides para llevar a cabo estudios de ingeniería de tejidos y genómica de célula única. El objetivo es crear un conjunto de modelos probabilísticos para alinear perfiles transcriptómicos de célula única de organoides con su tejido «in vivo». En esta investigación se empleará un nuevo marco estadístico para realizar comparaciones exhaustivas entre pares de perfiles transcriptómicos «in vitro» e «in vivo». Dicho marco ayudará a predecir componentes celulares, factores de transcripción y rutas de señalización ausentes o atípicos en organoides en comparación con sus tejidos «in vivo», lo que aportará información para mejorar el protocolo de desarrollo de organoides.
Objetivo
The OrganoidAlign action will develop a solid computational framework for comparative modelling of organoids in the age of single-cell transcriptomics. It will provide direct payoffs to both, tissue engineering and single-cell genomics fields. The overarching goal is to build a set of statistically rigorous and consistent probabilistic models for aligning a single-cell transcriptomic profile of an organoid against its in vivo tissue, for quantitatively evaluating its recapitulatory power.
During the course of this action, a meticulous review will be conducted on the state-of-the-art single-cell data modelling and comparative analysis techniques prior to formulating the single-cell transcriptomic profile comparison problem in statistical learning theory. This will specifically focus on both cell clustering and cell trajectory inference methods. A new statistical framework will be implemented to accommodate a comprehensive comparison between a pair of in vitro and in vivo transcriptomic profiles. A rigorous scoring measure will be devised to quantify their alignment.
Overall, the inference components under the proposed framework will facilitate the prediction of missing or outlying cellular attributes, transcriptional factors and signaling pathways in organoids compared to their in vivo tissues, informing directions of organoid protocol improvement. Overall, its outcomes will have potential contributions towards engineering more reliable in vitro tissue models, as well as reference profiling of organoids under the Human Cell Atlas project.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética
- ciencias médicas y de la salud biotecnología médica ingeniería de tejidos
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2020
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.