Opis projektu
Ramy obliczeniowe na potrzeby porównawczego modelowania organoidów
Celem finansowanego ze środków UE projektu OrganoidAlign jest opracowanie ram obliczeniowych umożliwiających porównawcze modelowanie organoidów. Mają one być wykorzystywane w badaniach związanych z inżynierią tkankową i genomiką pojedynczych komórek. Zespół projektu zamierza przygotować zestaw modeli probabilistycznych służących do dopasowywania profili transkryptomicznych pojedynczych komórek organoidów do odpowiadającej im tkanki in vivo. Badanie oprze się na nowych ramach statystycznych umożliwiających kompleksowe porównywanie par profili transkryptomicznych in vitro i in vivo. Zastosowanie takich ram pomoże przewidywać brakujące lub odstające składniki komórek, czynniki transkrypcyjne i szlaki sygnałowe w organoidach w odniesieniu do odpowiadających im tkanek in vivo. Na podstawie tych informacji będzie można udoskonalać protokoły dotyczące organoidów.
Cel
The OrganoidAlign action will develop a solid computational framework for comparative modelling of organoids in the age of single-cell transcriptomics. It will provide direct payoffs to both, tissue engineering and single-cell genomics fields. The overarching goal is to build a set of statistically rigorous and consistent probabilistic models for aligning a single-cell transcriptomic profile of an organoid against its in vivo tissue, for quantitatively evaluating its recapitulatory power.
During the course of this action, a meticulous review will be conducted on the state-of-the-art single-cell data modelling and comparative analysis techniques prior to formulating the single-cell transcriptomic profile comparison problem in statistical learning theory. This will specifically focus on both cell clustering and cell trajectory inference methods. A new statistical framework will be implemented to accommodate a comprehensive comparison between a pair of in vitro and in vivo transcriptomic profiles. A rigorous scoring measure will be devised to quantify their alignment.
Overall, the inference components under the proposed framework will facilitate the prediction of missing or outlying cellular attributes, transcriptional factors and signaling pathways in organoids compared to their in vivo tissues, informing directions of organoid protocol improvement. Overall, its outcomes will have potential contributions towards engineering more reliable in vitro tissue models, as well as reference profiling of organoids under the Human Cell Atlas project.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetyka
- medycyna i nauki o zdrowiubiotechnologia medycznainżynieria tkankowa
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Zjednoczone Królestwo