Projektbeschreibung
Genauere Analyse der Interaktion entfernt liegender Genorte
Die Genexpression wird durch komplexe Interaktionen zwischen cis-regulatorischen Sequenzen und trans-wirkenden Faktoren reguliert, die auf dem Genom weiter auseinanderliegen. Dynamisch veränderte Aktivitäten dieser Elemente sind ursächlich für phänotypische Variationen und Krankheiten. Um auf molekularer Ebene die Koordination von Genorten zu erklären, die bis zu 100 kb auseinanderliegen, wurde das Konzept der variablen Chromatinmodule (VCM) eingeführt. Mit einem neuen experimentellen, computergestützten Arbeitsablauf analysiert das EU-finanzierte Projekt CHROMISE die Funktion und Plastizität dieser hochgradig koordinierten Module, um sie schneller und einfacher zu identifizieren. Als Modellsystem dient dabei die Differenzierung mesenchymaler Stammzellen, sodass mit dem neuen Wissen genetische Varianten als Ursache von Stoffwechselerkrankungen analysiert werden können.
Ziel
Most common disease-associated genetic variants are thought to fall into gene regulatory regions, where they affect the interaction between transcription factors (TFs) and DNA and induce transcriptional changes. To understand the extent of, and the mechanisms underlying variation in binding of TFs to DNA, genome-wide TF and chromatin state profiling studies were performed which revealed that non-coding variants frequently mediate coordinated changes in TF binding and chromatin mark enrichment over regions that span more than 100 kb. These regions were termed “variable chromatin modules” (VCMs), providing a conceptual framework of how regulatory variation might shape complex traits. However, little is known about the formation, function, or plasticity of VCMs. This is because vast amounts of epigenomics data have so far been required for identifying VCMs, making their identification costly, labour-intensive, and only applicable to easy-to-culture cell types. Recent work has demonstrated the value of ATAC-seq for defining regulatory element hierarchies that conceptually resemble VCMs. Here, I propose to extend these principles by developing an experimental and computational workflow for VCM identification using single-cell ATAC-seq. This will allow sample multiplexing for sequencing followed by genotype-based demultiplexing, thereby increasing throughput, minimizing sample input, and mitigating variation between samples (Aim 1). I will apply this workflow to study VCM plasticity during human mesenchymal stromal cell differentiation (Aim 2). The resulting data will be used to identify VCM-linked metabolic disease-relevant genetic variants, whose role in VCM formation will be validated using CRISPR-Cas9 (Aim 3).
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Epigenetik
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2020
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
1015 Lausanne
Schweiz
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.