Opis projektu
Metoda badania wzajemnego oddziaływania odległych regionów genomowych
Ekspresja genów jest regulowana poprzez złożone oddziaływanie pomiędzy sekwencjami cis-regulatorowymi a elementami działającymi w układzie trans zlokalizowanymi w oddalonych od siebie miejscach. Dynamiczne zmiany w aktywności tych elementów odpowiadają za zmienność fenotypową i rozwój chorób. Aby wyjaśnić molekularną koordynację między regionami genomowymi obejmującymi ponad 100 kb, naukowcy stworzyli koncepcję zmiennych modułów chromatynowych (ang. variable chromatin modules, VCM). Zespół finansowanego przez UE projektu CHROMISE chce określić funkcję i plastyczność VCM za pomocą nowego eksperymentalnego i obliczeniowego przepływu pracy, który ułatwia i przyspiesza identyfikację VCM. Naukowcy wykorzystają różnicowanie mezenchymalnych komórek macierzystych jako system modelowy i zastosują uzyskaną wiedzę do badania wariantów genetycznych chorób metabolicznych.
Cel
Most common disease-associated genetic variants are thought to fall into gene regulatory regions, where they affect the interaction between transcription factors (TFs) and DNA and induce transcriptional changes. To understand the extent of, and the mechanisms underlying variation in binding of TFs to DNA, genome-wide TF and chromatin state profiling studies were performed which revealed that non-coding variants frequently mediate coordinated changes in TF binding and chromatin mark enrichment over regions that span more than 100 kb. These regions were termed “variable chromatin modules” (VCMs), providing a conceptual framework of how regulatory variation might shape complex traits. However, little is known about the formation, function, or plasticity of VCMs. This is because vast amounts of epigenomics data have so far been required for identifying VCMs, making their identification costly, labour-intensive, and only applicable to easy-to-culture cell types. Recent work has demonstrated the value of ATAC-seq for defining regulatory element hierarchies that conceptually resemble VCMs. Here, I propose to extend these principles by developing an experimental and computational workflow for VCM identification using single-cell ATAC-seq. This will allow sample multiplexing for sequencing followed by genotype-based demultiplexing, thereby increasing throughput, minimizing sample input, and mitigating variation between samples (Aim 1). I will apply this workflow to study VCM plasticity during human mesenchymal stromal cell differentiation (Aim 2). The resulting data will be used to identify VCM-linked metabolic disease-relevant genetic variants, whose role in VCM formation will be validated using CRISPR-Cas9 (Aim 3).
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka DNA
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka epigenetyka
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) H2020-MSCA-IF-2020
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
1015 Lausanne
Szwajcaria
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.