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Landscape genomic prediction of plant-pathogen interactions

Projektbeschreibung

Die Auswirkungen des Klimawandels auf Pflanzen-Pathogen-Interaktionen vorhersagen

Zahlreiche Studien über molekulare Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Pathogenen haben die genauen Genkombinationen von Wirt und Pathogenen untersucht, die zu Anfälligkeit oder Resistenz führen. Laborversuche sind wertvoll, können aber nicht direkt vorhersagen, wann und wo sich eine Krankheit in natürlichen oder landwirtschaftlichen Pflanzenpopulationen entwickeln wird (Pathogenese), da auch Umweltfaktoren eine Rolle spielen. Das EU-finanzierte Projekt PathoGenoPredict wird einen Rahmen schaffen, der es Forschenden ermöglicht, die Pflanzenpathogenese vorherzusagen. Dabei sollen auch räumliche und zeitliche Variationen in der Genetik des Wirts sowie des Pathogens berücksichtigt werden. Die über das Forschungsstipendium verfügende Person wird die genetische Interaktion von Hyaloperonospora arabidopsidis, einem pilzähnlichen Organismus, der als Eipilz (Oomyzete) bekannt ist, und der Modellpflanze Arabidopsis thaliana über Landschaftsgebiete hinweg untersuchen. Die Ergebnisse werden in Karten – sowohl im Hinblick auf das heutige Klima als auch den prognostizierten künftigen Klimawandel – dargestellt.

Ziel

Plants and their pathogens are locked in an ongoing coevolutionary battle, with outcomes affecting food and environmental security. Pathogenesis can occur when a host's resistance and pathogen's virulence genotypes are compatible with infection, while incompatible genotypes lead to resistance. A myriad of studies of molecular plant-pathogen interactions have probed the precise combinations of host (R) and pathogen (Avr) genes that lead to susceptibility or resistance. While laboratory trials are valuable, they cannot directly predict when and where pathogenesis will occur in natural or agricultural plant populations, as environmental factors also play a role. In this fellowship, I will build predictions of plant pathogenesis that account for spatiotemporal variation in both host and pathogen genetics over the landscape and through time.
I will investigate the model system of Hyaloperonospora arabidopsidis (Hpa; an oomycete) and Arabidopsis thaliana (Ath; a plant). Existing work in this system has identified the molecular mechanisms underlying multiple disease resistance phenotypes. I propose to extend this work by evaluating the genetic interaction of Hpa and Ath across the landscape. Specifically, I aim to
1) Determine the spatial distribution of genetic diversity across the landscape in both Ath and Hpa, investigating both neutral genome-wide patterns and R/Avr gene loci.
2) Model genetic variation in R/Avr genes across the landscape, producing maps both for today’s climate, and under predicted future climate change.
3) Predict how genetics interacts with a variable environment, including a changing climate, to produce disease, including future changes in the coevolutionary balance between plant and pathogen due to climate-induced range shifts.
These aims facilitate the projection of molecular plant-pathogen interactions onto the landscape, and provide a framework to examine the molecular mechanisms underlying ecological interaction of plants and their pathogens.

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Koordinator

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Netto-EU-Beitrag
€ 174 806,40
Adresse
Hofgartenstrasse 8
80539 Munchen
Deutschland

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Region
Bayern Oberbayern München, Kreisfreie Stadt
Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Weitere Finanzmittel
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