Description du projet
Prédire la structure et la fonction des molécules d’ARN
Ces dernières années ont été marquées par une explosion de la découverte de molécules d’ARN, à savoir les microARN, les petits ARN nucléolaires, les piARN et autres, ce qui a généré le besoin de méthodes robustes capables de prédire leur structure et leur fonction. Pour répondre à ce besoin, le projet RNA-RAPSODY, financé par l’UE, propose un cadre mathématique capable d’intégrer de multiples paramètres biologiques et structurels des molécules d’ARN et de générer des résultats biologiques significatifs. La mise en œuvre d’une telle approche dans la science fournira des informations importantes sur les molécules d’ARN impliquées dans des processus moléculaires et génétiques d’importance médicale et pharmaceutique.
Objectif
The proposed bioinformatics project has strong ties to even several diverse disciplines, namely computer science, molecular biology, genetics, mathematics and statistics. RNA Biology plays a central role in bioinformatics research such that numerous model-driven algorithms and methods are developed to predict and calculate structures and functions or compare sequences of RNA molecules that are essential in molecular and genetic processes and thus for medical and pharmaceutical applications.
Many of these problems can be cleanly phrased as optimization problems with 'optimal substructure' and thus solved exactly and efficiently by dynamic programming (for arbitrary parametrization of the objective function). This project will systematically explore the impact of parameter changes on the quality of results of DP optimization methods, such as predictions of molecule structures or comparison of sequences. Our approach strongly relies on algebraic dynamic programming (ADP), which decouples the decomposition of the search space from the algebra used to compute a final result. Thus, the ADP framework provides a unified setting and a generic implementation to quickly test working hypotheses. Here, it enables naturally implementing the suggested parametric optimization by developing novel algebras. Those include the polytope algebra, which allows to segment the parameter space based on its impact of the final prediction, and a formal derivative algebra, which allows to compute the derivative of ensemble predictions with respect to a given parameter. Conversely, those methods can be used to learn the optimal parameter sets based on a reference set of instances. This will result in deeper insights into robustness of the algorithms to changes of parameters or input data and hence, results can be assessed based on robustness measures and leads to the calculation of biologically more meaningful results.
The overall methodology will be applied to problems in RNA Bioinformatics.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- ingénierie et technologie biotechnologie industrielle biomatériaux bioplastique acide polylactique
- sciences naturelles mathématiques mathématiques pures algèbre
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2020
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
91128 PALAISEAU CEDEX
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.