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Deciphering translocation-based genome topology effects and their role in lymphoma formation

Descrizione del progetto

Traslocazioni cromosomiche e funzione nucleare

Il cancro è spesso associato a traslocazioni cromosomiche, un fenomeno per cui un cromosoma si rompe e i suoi frammenti si riattaccano a un altro cromosoma. Ciò può interrompere i geni soppressori del tumore oppure, più spesso, creare geni di fusione o proto-oncogeni nel punto di rottura della traslocazione, portando all’oncogenesi. L’ipotesi di lavoro del progetto LymphoTOP, finanziato dall’UE, è che le traslocazioni cromosomiche disturbino l’architettura del genoma e possano causare un’ulteriore deregolazione. I ricercatori si concentreranno sul linfoma non-Hodgkin e determineranno come le traslocazioni nei geni delle immunoglobuline possano influenzare il paesaggio genomico ed epigenetico e portare alla malattia. I risultati forniranno conoscenze fondamentali sulla funzione nucleare e sulla carcinogenesi.

Obiettivo

A central goal in cancer research is to identify the molecular mechanisms underlying tumor formation, such as translocations that result in expression of fusion genes or proto-oncogenes located at the translocation breakpoints. While the consequences of this erroneous expression have been widely studied, other effects of translocations remain largely unexplored. Nevertheless, these can provide vital new insights into tumorigenesis. I hypothesize that translocations disturb the global 3D genome architecture, causing alterations in chromosome territory positioning and interchromosomal interactions. And, that these can account for (in)activation of key genomic loci for which the cause of deregulation remains so far unknown. I will address this hypothesis in the context of Non-Hodgkin lymphoma (NHL)-related immunoglobulin (IGH) translocations. By genome editing we will create lymphoblastoid cell lines and cord blood cell-derived B lymphocytes in which IGH translocation-based effects can be cleanly dissected in vitro and in vivo. In these models, we will study how IGH translocations affect genome topology, the epigenetic and gene expression landscape and NHL formation. To that end, we will assess (i) chromosome territory structure and interchromosomal crosstalk by chromatin conformation capture and fixed- and live-cell imaging, (ii) epigenetic and gene expression maps using bulk and single-cell profiling and (iii) in vivo tumor formation. Importantly, after exploring the presence of the observed gene expression changes in NHL samples, we will target the coinciding changes in in vitro and in vivo approaches to probe their relevance for lymphomagenesis. Overall, LymphoTOP shall lead to deeper insights into translocation-based genome topology reorganisation and its role in tumorigenesis, and to potential identification of new vulnerabilities of lymphomas. Thus, extending its impact to many fields, from lymphoma and tumor biology to 3D genome organisation and beyond.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2021-STG

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Istituzione ospitante

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Contributo netto dell'UE
€ 1 499 993,00
Indirizzo
CARRER DOCTOR AIGUADER 88
08003 Barcelona
Spagna
Regione
Este Cataluña Barcelona
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
€ 1 499 993,00

Beneficiari (1)