Decoding the Multi-facets of Cellular Identity from Single-cell Data

Información del proyecto

DecodeSC

Identificador del acuerdo de subvención: 101040660

DOI

10.3030/101040660

Fecha de la firma de la CE 18 Marzo 2022

Fecha de inicio 1 Octubre 2022

Fecha de finalización 30 Septiembre 2027

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 484 125,00

Aportación de la UE

€ 1 484 125,00

Coordinado por

THE HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM
Israel

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Resultado final

Documents, reports (1)

Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (7)

Robust reconstruction of single-cell RNA-seq data with iterative gene weight updates

Autores: Yueqi, Sheng; Boaz, Barak; Mor, Nitzan
Publicado en: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad253

scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching

Autores: Jonathan Karin; Yonathan Bornfeld; Mor Nitzan
Publicado en: Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1546-1696
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01663-5

Mapping lineage-traced cells across time points with moslin

Autores: Marius Lange, Zoe Piran, Michal Klein, Bastiaan Spanjaard, Dominik Klein, Jan Philipp Junker, Fabian J. Theis, Mor Nitzan
Publicado en: Genome Biology, Edición 25, 2024, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03422-4

TACCO unifies annotation transfer and decomposition of cell identities for single-cell and spatial omics

Autores: Simon Mages; Noa Moriel; Inbal Avraham-Davidi; Evan Murray; Jan Watter; Fei Chen; Orit Rozenblatt-Rosen; Johanna Klughammer; Aviv Regev; Mor Nitzan
Publicado en: Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1546-1696
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01657-3

Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues

Autores: Miri Adler, Noa Moriel, Aleksandrina Goeva, Inbal Avraham-Davidi, Simon Mages, Taylor S. Adams, Naftali Kaminski, Evan Z. Macosko, Aviv Regev, Ruslan Medzhitov, Mor Nitzan
Publicado en: Cell Reports, Edición 42, 2024, ISSN 2211-1247
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112412

Disentanglement of single-cell data with biolord

Autores: Zoe Piran; Niv Cohen; Yedid Hoshen; Mor Nitzan
Publicado en: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1546-1696
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-02079-x

Nature Communications

Autores: Zoe Piran; Mor Nitzan
Publicado en: Nature Communications, Vol 15, Iss 1, Pp 1-17 (2024), 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-44757-7

Conference proceedings (2)

Let's do the time-warp-attend: Learning topological invariants of dynamical systems

Autores: Moriel, Noa; Ricci, Matthew; Nitzan, Mor
Publicado en: International Conference on Learning Representations (ICLR 2023), 2024
Editor: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2312.09234

Phase2vec: Dynamical systems embedding with a physics-informed convolutional network

Autores: Ricci, Matthew; Moriel, Noa; Piran, Zoe; Nitzan, Mor
Publicado en: International Conference on Learning Representations (ICLR), 2023
Editor: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2212.03857