Objectif
Proteins are molecular machines that drive all major functions in cells. Controlling the activity of proteins in real time via light or chemicals is a central goal in synthetic biology. The design of switchable proteins, in particular single-chain, allosteric variants, however, is a challenging engineering problem thus-far mostly addressed by trial-and-error.
DaVinci-Switches takes a radically new, data-driven perspective to fundamentally advance our understanding of protein allostery and accelerate and eventually rationalize the engineering of switchable proteins by interfacing synthetic biology with machine learning. We will establish a 'design by directed evolution' approach to create switchable proteins through receptor and effector fusion followed by phage-assisted in vivo directed evolution using synthetic gene circuits for selection. We will apply this novel pipeline to a diverse set of effector proteins and monitor the evolutionary process by next-generation sequencing (Objective 1). In parallel, we will perform an in-depth computational analysis of domain insertions within the natural protein repertoire. The combined, rich datasets will be used to train machine learning models to infer sequence patterns predictive of domain insertion tolerance and allosteric coupling between receptor-effector pairs (Objective 2). Finally, we will employ this unique model to design light- and drug-inducible variants of the Yamanaka cell reprogramming factors. These will provide the foundation of an Adeno-associated virus-based platform for cyclic, partial in vivo reprogramming of somatic cells with enormous potential for regenerative medicine, which will be evaluated in a murine model of drug-induced liver injury (Objective 3). DaVinci-Switches harnesses our key competences in protein engineering, synthetic biology and computation to reveal fundamental principles of allostery and enable transformative advances in the design of switchable proteins for research and medicine.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/fr/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques biologie de l'évolution
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2021-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.