Descrizione del progetto
Comprendere il modo in cui la natura aggira gli ostacoli alla trascrizione
Le lesioni del DNA che bloccano la trascrizione possono essere innescate da un’ampia varietà di agenti dannosi per il DNA e costituiscono un ostacolo per gli enzimi responsabili della trascrizione genica. La riparazione accoppiata alla trascrizione (transcription-coupled repair, TCR) è una via di riparazione del DNA specializzata che rimuove le lesioni del DNA dai geni trascritti attivamente in modo selettivo, ripristinando la trascrizione. I meccanismi alla base di questi processi sono ancora poco conosciuti. Il progetto STOP-FIX-GO, finanziato dall’UE, chiarirà i meccanismi alla base delle risposte cellulari ai danni che bloccano la trascrizione attraverso una combinazione di tecniche di genomica, proteomica e mappatura ad alta tecnologia, con particolare attenzione alle proteine TCR note e promettenti. La comprensione del modo in cui le cellule superano naturalmente gli ostacoli alla trascrizione potrebbe portare alla scoperta di nuove terapie.
Obiettivo
Bulky DNA lesions are a major obstacle during gene transcription by RNA polymerase II enzymes (RNAPII). The stalling of RNAPII at DNA lesions triggers a genome-wide transcriptional arrest. Transcription-coupled repair (TCR) is a specialized DNA repair pathway that selectively removes DNA lesions from actively transcribed genes to restore transcription. Stalled RNAPII at DNA lesions forms a roadblock for advancing DNA replication forks resulting in toxic collisions. The mechanisms that enable the repair of transcription-blocking DNA lesions, the restoration of transcription after repair and the resolution of transcription-replication conflicts are poorly understood. To address these knowledge gaps, I propose to establish a series of innovative approaches aimed at identifying the mechanisms involved in the cellular responses to transcription-blocking DNA damage. We will focus on the functional characterization of known and several promising new TCR factors that we recently identified in combined genome-wide CRISPR and targeted proteomics screens. I propose to dissect the role of known and new TCR proteins by (1) applying a genome-wide approach for directly measuring TCR activity in combination with proximity-labelling proteomics and genetic-interaction mapping to define how TCR complexes assemble and operate, (2) identifying the mechanisms in transcription restoration by combining advanced genomics methods to map nascent transcripts, monitor RNAPII occupancy, and correlate these with specific chromatin modifications in a genome-wide manner, and (3) dissecting the mechanisms involved in resolving transcription-replication conflicts by combining functional DNA replication assays with genome-wide approaches to map transcription, R-loops and DNA replication directionality. This ERC project will break new grounds by offering a detailed understanding of the mechanisms that enable cells to overcome transcriptional roadblocks.
Campo scientifico
Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
ERC - Support for frontier research (ERC)Istituzione ospitante
2333 ZA Leiden
Paesi Bassi